Il 9 gennaio 1945 Heissmeyer iniziò gli esperimenti con i bambini. Il professor Quenouille aveva compreso che cosa aveva intenzione di fare e pochi giorni prima aveva cercato di sterilizzare parte delle colture di batteri che sarebbero stati utilizzati per infettare i bambini.
L'inoculazione della tubercolosi fu abbastanza rapida: Heissmeyer asportava parte della pelle dei bambini sotto l'ascella destra e praticava una incisione a croce, inoculava i batteri e applicava un cerotto. Si trattava di aspettare che la malattia cominciasse il suo orribile lavoro.
Il 19 febbraio 1945 tutti i bambini sono apatici, febbricitanti, presentano ulcere e accusano forti pruriti. Heissmeyer procede con una ulteriore inoculazione della malattia, questa volta ancora più robusta.
Heissmeyer tentava di stimolare una risposta immunitaria. Prima faceva ammalare i bambini e poi somministrava "tubercolina" nella convinzione che si sarebbe verificata una reazione del sistema immunitario. Per verificare la portata della risposta immunitaria Heissmeyer pensò di asportare i linfonodi della regione ascellare: se la teoria era giusta i linfonodi avrebbero dovuto produrre degli anticorpi.
Il 3 marzo 1945 alle 19.00 i bambini vennero condotti in sala operatoria. I bambini vennero fatto spogliare e fatti sdraiare su di un tavolo operatorio su un fianco. Ad operare è un medico cecoslovacco prigioniero, il dottor Bogumil Doclik. Per l'anestesia vennero usate iniezioni di novocaina. Doclik fece delle incisioni di cinque centimetri e asportò la ghiandola linfatica all'altezza della ascella. L'intera operazione dura un quarto d'ora circa, quella sera furono 9 i bambini operati. La sera successiva si completò l'opera.
Le ghiandole linfatiche venivano messe in bottigliette piene di formalina, etichettate con il nome dei bambini e consegnate a Heissmeyer. Dopo una settimana i bambini vennero nuovamente portati in sala operatoria e i tamponi furono rimossi. Dopo un'altra settimana vennero asportate tutte le ghiandole ascellari.
Heissmeyer partì per la clinica di Hohenlychen e consegnò le ghiandole al suo collega Hans Klein per l'esame.
Il 12 marzo 1945 Klein diede il suo responso: nelle ghiandole linfatiche dei bambini non era stato riscontrato alcun anticorpo contro la tubercolosi. L'esperimento di Heissmeyer era fallito: i bambini ora non servivano più.