Heissmeyer non tornò più a Neuengamme. Il fallimento dell'esperimento rendeva inutile la sua permanenza nel campo di concentramento.
In quei giorni tra il marzo e l'aprile del 1945 il Terzo Reich era agonizzante. I Sovietici hanno sfondato in Austria, Vienna è caduta. Berlino è circondata. Americani ed Inglesi sono a Brema e Lipsia.
Nel campo di Neuengamme per ordine di Himmler vengono evacuati i prigionieri scandinavi che, a bordo di camion della Croce Rossa, si dirigono verso la Danimarca.
Il comandante del campo Max Pauly non ha però istruzioni chiare riguardo ai bambini: Heissmeyer è sparito e non si sa esattamente cosa fare.
Il 7 aprile 1945 Pauly invia una richiesta scritta al comando dell'RSHA di Berlino: "Cosa si deve fare dei bambini?".
Le condizioni disastrose della Germania hanno gettato nel caos le comunicazioni. Per giorni non arriva nessuna risposta, poi il 20 aprile 1945 giunge a Neuengamme un messaggio per telescrivente:
"Il Dipartimento Heissmeyer è annullato". L'aiutante di campo Karl Totzauer consegna il messaggio al comandante Pauly.

Ore 20 - Il campo di Neuengamme è in piena confusione: i camion della Croce Rossa svedese sono ancora nel campo.
Non si possono uccidere i bambini subito. Non davanti a dei testimoni. Infine Pauly da gli ordini a Wilhelm Dreimann.
Dreimann esce dall'ufficio del comandante e si dirige verso la baracca 4a, la baracca dei bambini. Chiama a rapporto i due prigionieri olandesi Deutekom e Holzel e dice loro di svegliare i bambini e prepararli perché si è deciso di portarli a Theresienstadt in aereo dai loro genitori. Frattanto Pauly aveva fatto chiamare il medico SS del campo Alfred Trzebinski, gli disse che il Dipartimento Heissmeyer era stato dissolto e che i bambini andavano uccisi.

Ore 22 - Trzebinski raggiunge la baracca 4a. Di fronte al cancello c'è un camion usato per il servizio postale.
Intorno oltre alle SS ci sono i due medici francesi, i due infermieri olandesi e sei prigionieri russi.

Ore 22.30 - Gli infermieri insieme con la SS Johann Frahm svegliano i bambini.
I due medici francesi Florence e Quenouille aiutano a caricare il camion.
Quenouille dice all'infermiere prigioniero Paul Weissmann: "Non credo ci rivedremo più".
I bambini sono assonnati e fanno i capricci, non vogliono alzarsi. Gli viene detto che sarebbero stati portati dai loro genitori ed allora si alzano in fretta e cominciano a vestirsi prendono i bagagli, i più piccoli anche i giocattoli.
Sul camion salgono i medici francesi, i due olandesi e i sei russi. Dietro con loro tre SS: Wilhelm Dreimann, Heinrich Wieagen e Adolf Speck. Davanti prendono posto Trzebinski e l'autista Hans Friedrich Petersen.