Al di la delle testimonianze dei carnefici l'anatomia del massacro dei bambini di Bullenhuser Damm seguì il rituale nazista della eliminazione di persone che erano diventate "portatori di segreti".
Il movente era appunto l'eliminazione fisica di persone in grado di rilevare i crimini commessi.
L'ordine di eliminazione venne richiesto da Kurt Heissmeyer e venne impartito da Berlino dal comandante dell'amministrazione centrale dei campi Oswald Pohl. Sarebbe stato certamente meno complicato compiere il massacro al campo di Neuengamme ma quella sera vi erano troppi estranei della Croce Rossa Svedese che controllavano l'evacuazione dei prigionieri danesi e norvegesi.
Il gruppo incaricato della eliminazione era principalmente composto dal dottor Alfred Trzebinski, dai sottufficiali delle SS Johann Frahm, Ewald Jauch e Wilhelm Dreimann. Comandante del gruppo era Arnold Strippel. Altrettanto coinvolto nella operazione fu l'autista del camion Hans Friedrich Petersen.

Alcuni bambini morirono immediatamente a seguito delle iniezioni di morfina e, per essere certi della loro morte, le SS li impiccarono appendendoli ai ganci fissati alle pareti. Come testimoniò Johann Frahm i bambini furono impiccati "come quadri alle pareti".
L'intera operazione andò avanti dalla mezzanotte del 20 aprile alle 5 del mattino del 21 aprile 1945.
Durante l'impiccagione dei bambini e degli adulti era arrivato da Neuengamme un secondo camion con 24 russi. Quando vennero fatti scendere sei riuscirono a fuggire, gli altri diciotto vennero condotti nella scuola e impiccati a loro volta.

All'alba del 21 aprile 1945 nella scuola c'erano quarantotto cadaveri: quelli dei venti bambini, i due medici, i due infermieri olandesi e i ventiquattro russi. Le SS ricevettero venti sigarette ed un litro di liquore a testa come premio per il lavoro. Successivamente i cadaveri vennero ricaricati sui camion e riportati a Neuengamme dove vennero cremati e le ceneri disperse nei campi circostanti.