Nell'ambito degli esperimenti direttamente "commissionati" dalla Luftwaffe rientrano le ricerche sulla potabilità dell'acqua di mare. Anche in questo caso il problema era connesso alla sopravvivenza dei piloti tedeschi costretti a paracadutarsi in mare.

Il pilota tedesco disponeva di un kit di salvataggio con due litri di acqua potabile. Una quantità che presto si era rivelata insufficiente per la sopravvivenza. Il "Technisches Amt der Luftwaffe" (Ufficio Tecnico dell'Aviazione militare) aveva studiato il problema ed aveva elaborato due metodi. Il primo era dovuto agli studi dell'ingegner Berka che aveva trovato il modo di rendere l'acqua di mare di sapore gradevole. Il secondo - ideato dal dottor Schäfer - consisteva in una vera e propria desalinizzazione dell'acqua marina.

L'ufficio tecnico dell'Aviazione informò Himmler nel maggio 1944 del metodo di Berka sostenendo comunque che si trattava di un metodo da sperimentare.

Nel luglio 1944 Himmler ricevette una seconda lettera dal generale medico Oskar Schröder nella quale si chiedeva di condurre esperimenti su soggetti umani tratti dal campo di Dachau per definire l'efficacia del metodo "Schäfer".

Himmler ritenne opportuno condurre ricerche su tutti e due i sistemi. Così Schäfer venne inviato a Vienna dove si incontrò con un altro medico, il dottor von Sirany che conduceva la sperimentazione del metodo "Berka". Schäfer dopo l'incontro riferì al dottor Hermann Becker-Freysing che il metodo "Berka" era sostanzialmente inutile se non dannoso: i piloti, non sentendo più il sapore dell'acqua salata, avrebbero continuato a bere acqua trattata ma in realtà non potabile. Becker-Freyseng a sua volta stese una relazione nella quale evidenziava tutti i difetti del metodo "Berka". Himmler decise di non immischiarsi in faccende e dispute tecniche e già a maggio aveva ordinato di studiare il problema. Nella tarda estate il generale Ernst Grawitz riferiva in una lettera ad Himmler il parere espresso dai generali Gebhardt, Glucks e Nebe. Non vi erano problemi per dare il via alla sperimentazione. L'unica questione riguardava la razza delle "cavie umane": Nebe suggeriva di usare zingari e mezzosangue ebrei, Grawitz invece suggeriva l'uso di ariani per essere sicuri dei risultati.

Himmler ordinò che a condurre gli esperimenti fosse il dottor Beiglböck. Furono utilizzati circa 80 zingari per l'esperimento. Non si sa quanti morirono di sete. La validità dei due metodi non fu dimostrata. I responsabili furono processati a Norimberga: Schäfer venne assolto, Becker-Freyseng venne condannato a vent'anni di prigione, Beiglböck a quindici.