Prima ancora che fosse varato ufficialmente il piano di eutanasia la Direzione Sanitaria del Reich guidata da Leonardo Conti si mise in moto per eliminare i bambini giudicati fisicamente o psichicamente disabili. Venne creata la Commissione per le malattie genetiche ed ereditarie.
La Commissione disponeva di una rete di 500 medici sparsi in tutta la Germania e l'Austria e organizzati in quei "consultori della morte" che erano i "Centri di consulenza per la protezione del patrimonio genetico e della razza".
Il 18 agosto 1939 Conti emanava un provvedimento segreto noto con la sigla IV-B 3088/39-1079 Mi. Grazie a questa disposizione i medici dei "Centri di consulenza" dovevano essere obbligatoriamente informati dagli ospedali e dalle levatrici della nascita di bambini deformi o affetti da gravi malattie fisiche o psichiche.

Una volta informati i medici convocavano i genitori e illustravano loro i grandi progressi della medicina tedesca. Ai genitori veniva detto che erano stati creati centri specializzati per la cura delle malattie dei loro figli. Veniva sottolineata la possibilità di decessi visto il carattere sperimentale delle cure ma si invitavano i genitori ad autorizzare immediatamente il ricovero anche in presenza di speranze di guarigione ridotte.

Ottenuto il consenso i bambini venivano ricoverati in cinque centri: Brandenburg, Steinhof, Eglfing, Kalmenhof e Eichberg. Qui giunti i bambini venivano uccisi con una iniezione di scopolamina o lasciati progressivamente morire di fame. Al processo il dottor Pfannmüller direttore del centro di Eglfing descrisse in questo modo il processo di eliminazione:
"Nel mio Istituto veniva utilizzato il Luminal. Un bambino fortemente idrocefalo, con una ridotta capacità di vita può essere addormentato con una dose di Luminal inferiore alla dose massima (...) Nell'arco di alcuni giorni il bambino dorme molto tranquillamente e non muore per avvelenamento: su questo insisto, anche se ho già avuto modo di dirlo. Il bambino muore per il sopravvenire di un ristagno polmonare e quindi per complicazioni cardiache e polmonari: di questo muore"

Una volta deceduti i bambini venivano sezionati, ai medici interessava soprattutto studiarne il cervello. Ad Eichberg ad esempio ad effettuare le dissezioni cerebrali era il dottor Walter Eugen Schmidt e, successivamente, i cervelli venivano inviati all'Istituto di Heidelberg dal professor Carl Schneider.

Tuttavia non venivano uccisi soltanto neonati o bambini di pochi anni. Gli istituti si occupavano dei bambini ebrei che, sani o malati, venivano immediatamente uccisi e dei bambini tedeschi disadattati. Nel processo di Francoforte del 1947 la signora Rettig testimoniò sull'eliminazione del figlio tredicenne che era scappato di casa ed era stato trovato dalla polizia. Il ragazzo era stato ricoverato a Idstein e la madre informata che si trovava nell'Istituto per ricevere tutte le cure appropriate. Dopo poche settimane in una lettera ufficiale venne informata che suo figlio era morto. Tra i vestiti che le vennero restituiti la signora Rettig ritrovò un bigliettino del figlio che diceva:
"Cara mamma! Se ne sono andati e mi hanno lasciato rinchiuso. Cara mamma io non resisto otto giorni qui con questa gente: io me ne vado, io qui non ci resto. Vieni a prendermi. Anche la mia valigia è rotta, è caduta. Cara mamma, fa qualcosa affinché la mia richiesta sia esaudita"

Non è possibile stabilire con assoluta precisione quanti bambini vennero uccisi negli Istituti ma sembra probabile che il numero ammonti a diverse migliaia.