Verso l'autunno del 1939 dalla sede di Berlino della T4 cominciarono a partire i questionari indirizzati agli istituti psichiatrici del Reich. I questionari erano molto generici per non allarmare nessun direttore. Ufficialmente si trattava di un censimento per conoscere le capacità lavorative dei malati. Ovviamente i direttori - che temevano di perdere buona manodopera - compilarono i questionari dichiarando inabili al lavoro anche coloro che invece venivano impiegati proficuamente.

In più - considerando la compilazione dei questionari un lavoro inutile e noioso - i direttori delegarono il personale amministrativo degli istituti. Il risultato fu che i questionari venivano riempiti in tutta fretta e in modo totalmente superficiale. Senza saperlo in questo modo migliaia di malati venivano condannati a morte.

La procedura escogitata era stata pensata per mantenere il più stretto segreto. Quando i questionari tornavano indietro venivano fotocopiati in tre copie ed esaminati da tre periti. Il parere dei tre periti veniva inviato ad un quarto perito supervisore che decideva sulla vita o la morte del paziente.

Naturalmente il malato non veniva mai realmente visitato.

Una volta decise le persone da eliminare la sede centrale di Berlino preparava delle liste di trasferimento che inviava ai singoli istituti avvertendo che si preparassero i malati per la partenza. Il giorno stabilito si presentavano uomini della "Società di Pubblica Utilità per il trasporto degli ammalati". I pazienti venivano caricati su grossi pullman dai finestrini oscurati e trasportati in uno dei sei centri di eliminazione: Grafeneck, Bernburg, Sonnenstein, Hartheim, Brandenburg, Hadamar. In questi istituti erano stati predisposti delle camere a gas camuffate da sale docce e forni crematori per l'eliminazione dei cadaveri.

Ai direttori non si indicava la località finale di arrivo del malato ma un istituto nel quale venivano trattenuti i malati per alcuni giorni. Questa tappa intermedia era stata decisa per evitare che i parenti si recassero nelle cliniche di eliminazione. Una volta arrivati nelle cliniche di eliminazione i malati venivano uccisi dopo pochi giorni.

Ai parenti veniva inviata una lettera standard che annunciava la morte per una causa qualsiasi. Si avvertiva che per ragioni sanitarie il cadavere era stato cremato e si avvertiva che l'urna con le ceneri era a disposizione. Si precisava che i beni personali dovevano essere ritirati entro 14 giorni ma l'invio delle lettere era calcolato in modo tale che quando la notizia giungeva alla famiglia i termini utili erano già trascorsi.

Dai cadaveri venivano tolti i denti d'oro che venivano inviati ad appositi uffici. Una parte dei cervelli venivano sezionati o inviati al "Kaiser Wilhelm Institut" dove una équipe medica guidata dal professor Julius Hallervorden sviluppava i suoi studi sulla neuropatologia.

Per depistare ulteriormente i parenti i centri di eliminazione venivano scelti in modo da essere il più distante possibile dal luogo di residenza del malato. Naturalmente oltre ai disabili ad essere eliminati in massa furono anche i cosiddetti "psicopatici" (cioè asociali) e gli ebrei fossero sani o meno.