Bernhard Baatz nacque a Doernitz il 19 novembre 1910. Pur non essendo laureato lavorava come assistente legale.
Si iscrisse al Partito Nazista il 1° marzo 1932 (tessera 941790) e nelle SS il 1° luglio dello stesso anno (tessera 46414). Nel febbraio del 1937 venne impiegato nell'ufficio della Gestapo per gli affari religiosi. Dal settembre 1939 al novembre 1939 partecipò alla cosiddetta "Operazione Tannenberg" ossia l'eliminazione sistematica della classe dirigente polacca operando con l'Einsatzgruppe IV. Ritornato alla Gestapo dapprima fu impiegato nell'Ufficio II-O che si occupava dei territori occupati in Polonia e che prese poi il nome di ufficio IV-D-2.
Dopo la sconfitta della Francia passò all'ufficio the IV-D-4 (che si occupava delle aree occupate in Francia, Lussemburgo, Alsazia-Lorena, Belgio, Olanda, Norvegia e Danimarca). Nell'aprile 1941 venne trasferito all'ufficio della Gestapo per i problemi dei lavoratori stranieri.
Nel Sonderkommando 1a, dipendente dal Einsatzgruppe A ricoprì il ruolo di comandante dal 1° agosto 1943 al 15 ottobre 1944. Contemporaneamente - dal novembre 1943 sino all'ottobre 1944 - fu comandante dell'SD (Servizi di Informazione) in Estonia. Tra il 1944 ed il 1945 venne trasferito come comandante dell'SD nei Sudeti.
Dopo la guerra non venne incriminato e si impiegò presso l'azienda tedesca Mannesmann di Duisburg. non abbiamo notizie. Il 26 giugno 1967 venne arrestato insieme ai suoi ex colleghi dell'Ufficio IV della Gestapo. Venne accusato dell'omicidio di 240 polacchi nel 1939. Il 20 maggio 1969 la Corte stabilì che i reati commessi non ricadevano all'interno dei crimini contro l'umanità e che perciò dovevano essere considerati caduti in prescrizione. Baatz venne scarcerato. Morì il 26 aprile 1978 in libertà.

Fonte:
Friedrich, Jörg: Die kalte Amnestie, Fischer, Frankfurt a.M. 1984.
Klee Ernst, Das Personen-lexicon zum Dritten Reich. Wer war was vor und nach, Fischer, Frankfurt am Main, 2005