Werner Best Nacque nel 1903 a Darmstadt da una famiglia di militari.
Studiò legge e nel 1929 venne nominato giudice presso il Dipartimento di Giustizia del Land dell'Assia.
Nel 1930 entrò nel Partito Nazista e nel 1931 nelle SS. Nel 1933 - subito dopo la conquista del potere da parte dei nazisti - venne nominato capo della polizia del Land dell'Assia.
La carriera di Best proseguì velocemente negli anni successivi divenendo consigliere legale per la Gestapo e vice di Reinhard Heydrich. Dal 1935 al 1940 fu capoufficio nell'Ufficio Centrale dei Servizi di Sicurezza (SD) a Berlino. Dal settembre 1939 al giugno 1940 Best comandò la Sezione II dell'RSHA.

Dal giugno 1940 all'agosto 1942 fu Ministerialdirektor della Amministrazione militare tedesca in Francia.
I suoi compiti consistevano nel combattere il movimento di resistenza e nel rendere la Francia libera dagli ebrei.

Dal novembre 1942 sino al 1945 fu plenipotenziario per la Danimarca occupata. In questo ruolo Best fallì miseramente il suo compiti d eliminazione degli ebrei.

Nel 1949 Best venne condannato a morte da un tribunale danese. La pena venne poi commutata a 12 anni di prigione. Già nel 1951 venne scarcerato e fece ritorno in Germania divenendo consulente delle industrie Stinnes.
Nel 1958 venne condannato ad una ammenda di 70.000 marchi come multa per la sua appartenenza alle SS. Nel 1969 fu arrestato con l'accusa di aver collaborato allo sterminio degli ebrei polacchi ma ben presto venne scarcerato nel 1972 per ragioni di salute. Le accuse non furono mai ritirate.
Morì il 23 giugno 1989.