Ernst Biberstein (il cui cognome era originariamente Szymanowsky) nacque a Hilchenbach il 15 febbraio 1899.
Studiò all'Università di Kiel e partecipòalla Prima Guerra Mondiale. Alla fine del conflitto si volse alla teologia. Divenne pastore protestante nel 1924 ottenendo la carica di prevosto (Kirchenprobst) a Kating, nello Schleswig-Holstein nel 1933.
Ciò non gli aveva impedito il 19 luglio 1926 di iscriversi al Partito Nazionalsocialista.
Nel 1936 entrò nelle SS e passò al Ministero dei Culti. Fu poi trasferito all'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich e qui lavorò in diversi uffici.

Era un protetto di Reinhard Heydrich che lo trasferì a Opoeln nel 1940 dove diresse l'ufficio locale della Gestapo. Qui Biberstein fu per la prima volta a contatto con il processo di deportazione. Alla morte di Heydrich Biberstein venne trasferito al comando dell'Einsatzkommando 6 (Einsatzgruppe C) dove rimase dal settembre 1942 al maggio 1943.

Catturato dopo la guerra il 25 giugno 1947 ammise in una dichiarazione firmata che il suo Einsatzkommando durante il suo periodo di comando uccise dalle 2.000 alle 3.000 persone.
Il 2 luglio 1947 sotto giuramento testimoniò che:
"Sovrintesi personalmente ad una esecuzione a Rostov. Questa venne condotta con l'uso di camion a gas. Le persone destinate a questa morte - dopo che il denaro e gli oggetti di valore (a qualcuno anche gli abiti) furono loro tolti - vennero caricate nei camion a gas in numero di circa 50 o 60.
Il camion venne condotto sino ad un luogo fuori città dove i membri del mio kommando avevano già scavato una fossa.
Vidi io stesso scaricare i cadaveri, le loro facce non erano in alcun modo distorte, la morte aveva colto queste persone senza evidenti segni di spasmi. Non c'erano medici presenti allo scarico per certificare la loro morte […]
Sono anche stato testimone di un'esecuzione condotta con armi da fuoco. Le persone che dovevano essere uccise venivano fatte inginocchiare sull'orlo di una fossa e i membri del mio kommando sparavano loro alla nuca con una pistola automatica. Le persone venivano uccise e per la maggior parte rotolavano nella fossa. Non avevo personale addestrato specificatamente per queste esecuzioni alla nuca e non c'erano medici presenti"

Biberstein venne condannato a morte nel 1948. Successivamente la pena venne commutata all'ergastolo ma, pochi anni dopo, venne graziato. Lasciato il carcere di Landsbergil 9 maggio 1958 si stabilì a Neumunster dove morì l'8 dicembre 1986.