Paul Blobel nacque il 13 agosto 1894 a Potsdam. Partecipò alla Prima Guerra Mondiale e venne decorato con la Croce di Ferro di 1a classe.
Studiò architettura e per qualche tempo a partire dal 1924 esercitò questa professione. A suo dire fu la perdita del lavoro che lo spinse ad iscriversi al Partito Nazionalsocialista e alle SS il 1° dicembre 1931.
Nel marzo 1933 lo ritroviamo a Düsseldorf nella polizia della città.
Nel giugno 1934 venne trasferito ai Servizi di Sicurezza (SD) con il grado di Untersturmführer e mantenuto a Düsseldorf.
Qui si guadagnò il grado di Standartenführer il 30 gennaio 1941.

Dal giugno 1941 al gennaio 1942 comandò il Sonderkommando 4a unità di sterminio inquadrata nell'Einsatzgruppe C.
In questa veste fu il principale responsabile del massacro degli ebrei di Kiev.
In totale a lui è attribuibile la responsabilità dell'uccisione di 59.018 persone (ma Blobel al processo sostenne di averne fatte uccidere "solo" 10.000-15000).
Il 13 gennaio 1942 Blobel venne congedato dal suo ruolo di comandante per motivi di salute: una dissenteria e problemi di alcolismo lo rendevano inabile al servizio.

Dal luglio 1942 al luglio 1944 fu posto a capo della Aktion 1005, l'operazione di esumazione delle centinaia di migliaia di cadaveri delle persone uccise in Russia. Lo scopo era la distruzione delle prove dei massacri degli Einsatzgruppen.
In questa operazione Blobel utilizzò prigionieri ebrei costringendoli a riaprire le fosse comuni. Dopo aver eseguito il lavoro, i prigionieri ebrei venivano a loro volta uccisi.
Il totale di queste vittime assomma a diverse centinaia ma non è precisabile con sufficiente accuratezza.

Nell'ottobre 1944 Blobel venne nominato comandante dell'Einsatzgruppe Iltis. Questa unità - riorganizzata a Salisburgo in Austria con uomini che avevano partecipato alla Aktion 1005 - operò contro i partigiani jugoslavi nell'area della Carinzia.

Dopo la guerra Blobel venne arrestato dagli americani e processato a Norimberga. Al processo le prove che inchiodarono Blobel furono schiaccianti: ben 16 rapporti del Sonderkommando 4a riguardavano il periodo di comando di Blobel e diversi di questi lo nominavano esplicitamente.
Il Rapporto 143 dichiara che al 9 novembre 1941 erano state uccise 37.243 persone. Il Rapporto 132 del 12 novembre 1941 fa salire il numero delle vittime a 55.432 e parla di esecuzioni di prigionieri di guerra ebrei. Il Rapporto 156 fa salire la cifra totale a 59.018 persone.
Fu giudicato colpevole e condannato a morte. La sentenza venne eseguita per impiccagione il 7 giugno 1951.