Anche se apparentemente Bormann fu un mero esecutore degli ordini di Hitler possedeva delle chiare linee politiche che durante tutta la sua carriera mise in atto sistematicamente.
In primo luogo sostenne l'attiva partecipazione e collegamento delle organizzazioni del Partito alla attività del Servizio di Sicurezza delle SS (SD).
Il 14 febbraio 1935 ordinò a tutti gli esponenti del partito di assistere l'SD nel suo lavoro.
Il 3 settembre 1935 ordinò ai membri del partito di consegnare o denunciare alla Gestapo tutti coloro che esprimevano critiche nei confronti del regime.
Con un ordine del 14 dicembre 1938 chiese una più stretta collaborazione tra strutture di Partito e Gestapo.
Nel gennaio 1942 ottenne poteri superiori a quelli che erano stati affidati a Hess: controllo sulla preparazione di tutte le leggi e le direttive emanate dal Gabinetto del Führer e la direzione del Consiglio dei Ministri per la Difesa del Reich. In questo senso fu responsabile per ogni ordine emanato dopo il 24 gennaio 1942. Avendo sotto di sé il controllo dei gauleiter ebbe la direzione dello sforzo civile per il sostegno dello sforzo bellico sia nei territori tedeschi che in quelli annessi ed occupati.

Bormann partecipò attivamente alla repressione di tutti i gruppi organizzati di opposizione specializzandosi in modo particolare nella persecuzione delle Chiese. Dapprima si impegnò per l'eliminazione di ogni influenza religiosa dal Partito.
Nel luglio 1938 proibì che nel partito fossero ammessi preti; il 6 giugno 1939 proibì l'appartenenza al partito di scienziati di fede cristiana. Il 9 febbraio 1937 e il 14 luglio 1939 ordinò l'esclusione di preti e studenti di teologia dal partito.
Con una direttiva del 17 giugno 1938 proibiva ogni attività religiosa ai membri dell'Organizzazione del Lavoro. In una lettera a Rosenberg del 25 aprile 1941 sottolineava i successi ottenuti nella eliminazione dei servizi religiosi del mattino nelle scuole.
Lottò ferocemente contro qualsiasi insegnamento religioso nelle scuole. Organizzò e fece pressioni su tutti i ministeri per l'emanazione di una legge discriminatoria nei confronti delle Chiese e per la confisca delle loro proprietà.

Il 16 luglio 1941 Bormann partecipò alla conferenza presso il Quartier Generale del Führer con Göring, Rosenberg, Keitel e Lammers. Questa riunione stabilì l'adozione di piani dettagliati per la riduzione in schiavitù, l'annessione di ampi territori in Russia e in altri Paesi dell'Est.
Partecipò ad una seconda conferenza l'8 maggio 1942 insieme ad Hitler, Rosenberg e Lammers sulla soppressione della libertà religiosa, l'insediamento forzato di contadini olandesi in Lituana, il programma di sterminio in Russia e il saccheggio economico dei territori dell'Est.
In Una lettera dell'11 gennaio 1942 Bormann illustrava un suo piano per il sequestro di ogni bene utile dai territori occupati per soccorrere le popolazioni tedesche vittime dei bombardamenti.
Il 5 novembre 1941 proibì che venissero eseguite regolari inumazioni con cerimonie religiose per i prigionieri di guerra sovietici morti in prigionia.
In una circolare del 25 novembre 1943 domandava un trattamento più duro per i prigionieri di guerra e il pieno utilizzo della loro forza lavoro.
In una circolare segreta trasmessa all'OKH del 29 gennaio 1943 diede istruzioni affinché il lavoro dei prigionieri di guerra fosse ottenuto attraverso l'uso di armi da fuoco e punizioni corporali.
Queste istruzioni culminarono con il decreto del 30 settembre 1944 da lui firmato. Con esso si arrogava la giurisdizione su tutti i prigionieri di guerra consegnandoli al controllo di Himmler e ordinò che tutti i prigionieri di guerra fossero sottoposti al controllo dei locali comandanti delle SS. In virtù di quest'ordine Himmler fu in grado di procedere al suo piano di sterminio dei prigionieri di guerra.
Bormann ebbe poi una parte rilevante nella organizzazione dei linciaggi degli aviatori alleati. Già nel 1940 Hess aveva ordinato ai Gauleiter di istruire la popolazione civile ad arrestare o liquidare tutti gli aviatori alleati paracadutatisi sul territorio tedesco a seguito di un abbattimento dei loro velivoli. Bormann rafforzò questa linea dando istruzioni segrete affinché non vi fossero conseguenze penali contro i civili che avessero linciato gli aviatori britannici o americani.

Bormann giocò un ruolo importante nell'organizzazione e amministrazione del programma di lavoro coatto. Con una circolare del 5 maggio 1943 sottolineava che i lavoratori forzati stranieri erano da ritenersi sottoposti alle SS per tutte le questioni riguardanti la sicurezza.
Alla conferenza del 4 settembre 1942, nella quale si decise il reclutamento di 500.000 donne dell'Est per inviarle in Germania si decise che questa forza lavoro sarebbe stata gestita soltanto dallo stesso Bormann, da Sauckel e da Himmler.
Bormann impose poi i suoi punti di vista sull'amministrazione delle aree occupate sostenendo la necessità di una totale spoliazione delle aree. In una lettera a Rosenberg scrisse:
"Gli slavi devono lavorare per noi. Nella misura in cui non ne avremo bisogno che muoiano pure. Le vaccinazioni obbligatorie e i servizi sanitari tedeschi sono superflui.
La fertilità degli Slavi è indesiderabile. Possono usare i contraccettivi o praticare l'aborto, più lo faranno meglio sarà.
L'educazione è pericolosa. Sarà già sufficiente che sappiano contare sino a 100. Soltanto un'educazione che produca una utilità pratica per noi è auspicabile. Ogni persona istruita è un futuro nemico.
Occorre lasciar loro la religione come mezzo di distrazione.
Per quanto riguarda il cibo non dovranno ricevere nulla più del necessario. Noi siamo i padroni e noi veniamo per primi".