Bouhler nacque a Monaco di Baviera il 2 settembre 1899. Prese parte alla Prima Guerra Mondiale durante la quale venne gravemente ferito.
Si iscrisse al Partito Nazista nel 1921 lavorò al giornale di partito, il Volkischer Beobachter, divenendone amministratore.
Nel 1933 - dopo essere stato promosso Reichsleiter - seguì Himmler divenendo Presidente della Polizia di Monaco di Baviera. Nel 1934 venne nominato Capo della Cancelleria privata del Führer.
In questo ruolo di altissimo prestigio nel settembre 1939 venne incaricato da Hitler insieme al dottor Dr. Karl Brandt di varare il primo programma di eutanasia che dopo aver provocato 70.000 vittime, sarebbe poi stato esteso con la Aktion 14 f 13 anche ai campi di concentramento e sterminio.
Il più valido collaboratore di Bouhler in queste operazioni fu il suo subordinato Viktor Brack. Il programma di eutanasia venne interrotto per le crescenti opposizioni popolari ma l'esperienza condotta nelle cliniche dedicate all'eliminazione (si usavano infatti camere a gas) e l'esperienza maturata dagli uomini di Bouhler fu decisiva per attuare la macchina dello sterminio.
La carriera di Bouhler terminò nel 1944 quando Martin Bormann lo sostituì come Capo della Cancelleria.
Pochi giorni dopo la capitolazione Bouhler e sua moglie si suicidarono a Emmerich per sottrarsi all'arresto degli Alleati.