Nel 1943 con un altro decreto Hitler nomino Brandt Commissario Generale per la Sanità dandogli il compito di coordinare gli sforzi e le attività dell'intero settore medico-sanitario. Queste attribuzioni vennero esplicitamente allargate al campo delle scienze mediche e della ricerca. Nell'agosto 1944 Brandt venne nominato Commissario per la Sanità e la Salute del Reich (Reichskommissar fur Sanitaets und Gesundheitswesen) raggiungendo così uno dei più alti ranghi nella macchina statale nazista.
Brandt era autorizzato ad impartire ordini agli uffici medici e alle organizzazioni del governo, del partito e delle forze armate.

In questo ruolo insieme a Philip Bouhler che ne curò gli aspetti di polizia, Brandt fu a capo del "Progetto T4", cioè il progetto di eutanasia che avrebbe portato alla morte 70.000 tedeschi giudicati "inadatti alla vita".
Il progetto venne esplicitamente autorizzato da Hitler con un ordine del 1° settembre 1939 che recita: "Il Reichsleiter Bouhler e il dottore professor Karl Brandt sono incaricati di estendere a determinati medici (che verranno designati) la facoltà di somministrare l'eutanasia a malati che, secondo le capacità di giudizio umane e dopo scrupoloso esame clinico, siano da considerarsi inguaribili".
Brandt mise in piedi il progetto in collaborazione con Viktor Brack e Philip Bouhler. I "non idonei alla vita" vennero uccisi con iniezioni letali, in camere a gas, in speciali autobus nei quali veniva fatto confluire il gas di scarico.

Quando - per le proteste dell'opinione pubblica - il progetto eutanasia venne abbandonato le "esperienze" fatte vennero trasferite ai campi di concentramento. Così Brandt fu il principale responsabile dei più atroci ed inutili pseudo esperimenti scientifici condotti dai medici nei campi di sterminio.
Il 16 aprile 1945 venne arrestato a Berlino dalla Gestapo e condannato a morte da un tribunale delle SS. Dopo la morte di Hitler venne rilasciato per ordine dell'ammiraglio Doenitz il 2 maggio 1945. Catturato dagli Alleati il 23 maggio successivo venne processato insieme ad altri medici nazisti operanti nei campi di concentramento.
Giudicato colpevole venne impiccato a Landsberg il 2 giugno 1948.

Karl Brandt nacque l'8 gennaio 1904 a Mülhausen (all'epoca terriorio tedesco). Divenne medico nel 1928. Si iscrisse al Partito Nazista nel gennaio 1932 ed entrò a far parte delle SA nel 1933 per poi passare alle SS nel luglio 1934. Dall'estate del 1934 fu il medico personale di Adolf Hitler.Compì una rapidissima carriera e nel gennaio 1943 divenne Gruppenführer delle SS e Generalleutnant (Maggior Generale) delle Waffen SS.
Nel 1942, quando per la prima volta Hitler creò un incarico medico sotto il suo diretto controllo scelse proprio Brandt. Il giovane medico ottenne il titolo di Plenipotenziario per la Salute e i Servizi Medici.
Questo strano incarico dava a Brandt il potere di condurre a termine compiti speciali e di intrattenere rapporti ufficiali sia con il sistema sanitario civile che militare. Suo compito era il reperimento di medici, ospedali e materiali sanitari.
Il vero ruolo di Brandt consisteva nel coordinamento degli sforzi di ricerca tra il personale medico civile e quello militare. In altri termini passavano sotto il suo controllo i servizi sanitari civili retti da Leonardo Conti e i servizi sanitari militari affidati a Siegfried Handloser.