Alois Brunner è nato l'8 aprile 1912 a Rohrbrunn nel Brugenland, regione all'epoca parte dell'area ungherese dell'Impero Asburgico.
A 19 anni si iscrisse al Partito Nazionalsocialista austriaco a Furtsenfeld in Stiria. Qui conobbe alcune persone che sarebbero poi diventate figure chiave nello sterminio degli ebrei d'Europa come Kaltenbrunner ed Eichmann. Espatriato in Germania a seguito della messa fuorilegge del Partito Nazionalsocialista in Austria vi ritornò nel 1938 dopo l'Anschluss.
Entrato a far parte delle SS già nel 1932 venne notato per il suo profondo antisemitismo ed impiegato nell'ambito dell'Ufficio IV-B-4 come braccio destro di Eichmann.
Brunner imparò le tecniche di deportazione lavorando presso la "Centrale di emigrazione ebraica" di Vienna.
Quando Eichmann si spostò a Praga per deportare gli ebrei boemi Brunner rimase a Vienna divenendo il capo della centrale.
Nel novembre 1941 l'ufficio viennese venne chiuso essendo esaurita la sua funzione.

Brunner sino al febbraio 1943 aveva deportato quarantasettemila ebrei.
Il suo apporto alla distruzione dell'ebraismo austriaco venne ricompensato con una rapida carriera che lo portò al grado di Haupsturmführer nel gennaio 1942.
Dal febbraio 1943 Brunner venne inviato in Grecia, a Salonicco, per organizzare in modo rapido e preciso la deportazione degli ebrei della città. Brunner portò a termine il suo compito con efficacia.
Non si accontentò di organizzare i convogfli verso i campi: si divertì a distruggere l'antico cimitero ebraico di Salonicco che ospitava le sepolture della Comunità a partire dal XVI secolo. Con le steli funerarie pavimentò vialetti e piscine delle SS.
Dopo aver spazzato via gli ebrei di Salonicco un altro incarico attendeva Brunner: Parigi. Qui Brunner adottò il sistema ormai colaudato di servirsi di personale ebraico per poter più facilmente condurre le operazioni.
Fondò l'Unione Generale degli Israeliti di Francia (UGIF) cui affidò il compito di registrare gli ebrei parigini.
Il lager di transito di Drancy divenne l'anticamera per l'inferno di Auschwitz destinata agli ebrei francesi.
Dopo la caduta del regime fascista italiano e l'armistizio dell'8 settembre 1943 che dissolse l'alleanza tra Germania e Italia, Brunner ebbe mano libera nel sud della Francia.
Il 15 settembre 1943 si recò a Nizza per organizzare la deportazione degli ebrei che sotto la dominazione italiana avevano goduto di relativa tranquillità.
Il frutto delle operazioni coordinate da Brunner in Francia fu di ventitremila deportati. Tra questi 300 bambini spediti ad Auschwitz pochi giorni prima dell'arrivo degli Alleati a Parigi.
Esaurito il suo compito in Francia Brunner venne inviato in Slovacchia a Bratislava. Qui la deportazione degli ebrei procedeva a rilento.
Rimanevano 25.000 ebrei da deportare e il superiore di Brunner, Dieter Wisliceny, era stato corrotto da una organizzazione ebraica per rallentare l'intero processo in cambio di denaro.
Il gruppo era una organizzazione segreta chiamata "Pracovna Skupina" ed aveva elaborato il cosiddetto "Europa Plan", un piano di scambio di denaro e materiali contro le vite degli ebrei. Animavano il gruppo il rabbino Weissmandl e Gisi Fleischmann.
Brunner era consapevole che il gruppo era riuscito a corrompere Wisliceny ma non aveva le prove necessarie. In ogni caso Brunner non era corruttibile, il suo odio contro gli ebrei superava qualsiasi considerazione economica. Sino a quel momento Gisi Fleischmann era riuscita a trovare un accordo con Wisliceny ed il suo vice Kurt Becher e suppose di poter corrompere anche Brunner. Il risultato fu tragico: Brunner voleva da lei informazioni e, non avendole ottenute, spedì la Fleischmann ad Auschwitz dove venne uccisa subito dopo il suo arrivo il 18 ottobre 1944.

La guerra volgeva al termine e l'operazione svolta in Slovacchia fu l'ultima della sanguinosa carriera di Brunner.
Terminata la guerra Brunner sparì letteralmente nel nulla dando inizio ad una fuga destinata a non interrompersi.




La caccia alla "mano destra del diavolo"

Quando vennero resi noti i misfatti di Brunner di fatto questi si era già dato alla fuga.
Un primo ordine di arresto venne spiccato il 1° agosto 1946 dalla giustizia francese. Brunner venne processato in contumacia e condannato per due volte a morte nel 1954 come criminale di guerra.
Sulle sue tracce erano Simon Wiesenthal e un avvocato francese, Serge Klarsfeld.
Brunner frattanto era riuscito a mischiarsi ai tedeschi residenti in Cecoslovacchia che erano fuggiti davanti all'Armata Rossa. Ben coperto nella massa di profughi aveva raggiunto la Germania ed aveva trovato impiego come camionista con la falsa identità di Alois Schmaldienst.
Probabilmente Brunner lasciò l'Europa subito dopo il 1954.
Si era procurato nuovi documenti e, assunta l'identità di Georg Fischer, ottenne un visto per l'Egitto. Di qui si recò in Siria dove trovò ospitalità e probabilmente copertura.
Nel 1959 il nome di Brunner venne fatto da Maximillian Merten durante il processo cui venne sottoposto per la deportazione degli ebrei di Salonicco. Merten descrisse Brunner come un sadico criminale.
Il governo greco sorprendentemente non solo dopo aver condannato Merten a 25 anni lo graziò ma non fece nulla per perseguire Brunner.

Nel 1961 a seguito del processo Eichmann il nome di Brunner tornò in auge. Oramai la sua presenza in Siria era accertata e, benché il governo di Damasco negasse la sua presenza, sia la Germania, l'Austria e la Francia presentarono richieste di estradizione.
Molto probabilmente la fuga di Brunner venne resa possibile dalla "Organizzazione Ghelen". La struttura, creata dal generale Reinhart Ghelen negli anni Cinquanta creò il primo nucleo dei servizi segreti tedeschi. Godendo di notevoli coperture.
Ciononostante la caccia continuò. Era persino noto l'indirizzo di Brunner a Damasco tanto che gli venne recapitato un pacco bomba che gli mutilò le dita di una mano nel 1980.
Nonostante indiscrezioni giornalistiche avessero indicato la sua morte nel 1992 ancora il 23 febbraio 1999 venne spiccato un ordine di cattura internazionale.
Sua figlia, Irena Ratheimer sposata ad un deputato del parlamento austriaco, annunciò pubblicamente la morte del padre.

Nonostante una taglia di 345.000 dollari sulla sua testa Brunner non è stato mai arrestato. L'ultimo processo in contumacia risale al 2 marzo 2001, la Corte Criminale di Parigi lo ha condannato all'ergastolo.