Gerhard Flesch nacque l'8 ottobre 1909 a Posen (l'attuale Poznan in Polonia). Studiò legge laureandosi nel 1934.
Si iscrisse al Partito Nazionalsocialista il 1° maggio 1933 e si arruolò nelle SS il 1° agosto dello stesso anno.
Nel 1938 partecipò al movimento che portò all'annessione alla Germania dei Sudeti e al successivo dissolvimento della Cecoslovacchia. Divenne consigliere di Sauckel all'epoca gauleiter della Turingia.
Allo scoppio della guerra con la Polonia nel settembre 1939 venne utilizzato come comandante dell'Einsatzkommando 2/VI che operò nella città di Posen per la liquidazione degli intellettuali e dei possibili oppositori polacchi sino al 20 novembre 1939.
Partecipò poi alla guerra contro la Francia nel 1940.
Fu successivamente impiegato negli uffici della Gestapo di Francoforte sull'Oder e come comandate dei servizi di controspionaggio (SD) nella città di Drontheim.
Il 23 aprile 1941 venne trasferito in Norvegia come comandante della polizia di sicurezza (SIPO) e del controspionaggio nella città di Bergen. Dall'ottobre del 1941 venne trasferito a Trondheim e nominato Comandante della polizia (KdS) per il distretto del Trodenlag.
Direttamente agli ordini del capo delle SS in Norvegia Heinrich Fehlis, si distinse per le atrocità commesse: nel novembre 1942 fece uccidere tre ebrei, nel 1944 fece fucilare illegalmente 24 soldati russi prigionieri e 3 membri della resistenza norvegese.
Sua la responsabilità del campo di concentramento di Falstaf dove ordinò che venisse adottata la bastonatura come mezzo di punizione principale.

Dopo la guerra venne processato e condannato a morte da una Corte norvegese il 2 dicembre 1946. La sentenza venne eseguita per fucilazione nel 1948.