Dopo la guerra Gemmeker venne processato da un tribunale olandese che, inspiegabilmente, lo condannò a soli dieci anni di prigione parte dei quali condonati.
La mitezza della condanna è spiegabile con il singolare fascino che Gemmeker seppe esercitare persino sugli stessi prigionieri.
Durante il processo infatti alcuni ex internati lo descrissero come un gentiluomo che non si sporcò le mani direttamente con il lavoro di deportazione. Altri ne sottolinearono la sua gentilezza e il suo costante sorriso. Altri ancora si spinsero sino al punto di sostenere che si trattava di un uomo sostanzialmente buono giacché aveva permesso in alcuni casi la temporanea sospensione della deportazione.
Fu probabilmente la comparazione tra le terribili sofferenze patite nei campi di sterminio che fecero sì che le vittime non riuscirono a comprendere che Gemmeker era in realtà una delle pedine più importanti nel processo di distruzione. La sua gentilezza cinica e il suo comportamento irreprensibile erano generati non da una disposizione d'animo ma da una strategia predeterminata che gli consentì di inviare senza intoppì verso la morte quasi 100.000 persone.
Liberato nel 1951 Gemmeker tornò a Düsseldorf da uomo libero.
La sua amante era ritornata anche lei nella stessa città subito dopo il processo olandese. I due non riallacciarono i loro rapporti (anche Gemmeker era sposato) ma rimasero in contatto nel modo più straordinario: attraverso il loro comune medico di fiducia ebreo Spanier.
Spanier era stato medico sia della famiglia Gemmeker che di quella Hassel prima della guerra. Con l'inizio delle persecuzioni Spanier aveva trovato rifugio in Olanda e qui era stato nuovamente catturato e inviato a Westerbork. Gemmeker lo aveva nominato direttore dell'ospedale del campo.
Gemmeker morì di vecchiaia verso la fine degli anni Settanta.

Nacque a Düsseldorf il 27 settembre 1907 a Düsseldorf.
Raggiunse il grado di SS-Obersturmführer e venne destinato a partire dal 12 ottobre 1943 al comando del campo di transito olandese di Westerbork.
La sua nomina coincise con l'inasprirsi della deportazione degli ebrei olandesi e dopo le pessime prove date dai due precedenti comandanti, Deppner e Dischner.
Gemmeker fu particolarmente abile nel suo lavoro partendo dal principio che la velocità di deportazione dipendeva soprattutto dalla tranquillità dei prigionieri.
In questo senso fu sempre molto attento a mantenere un clima meno oppressivo possibile nel campo e delegando la redazione delle liste che dovevano essere deportate da Westerbork ai suoi collaboratori ebrei di origine tedesca Schlesinger e Pinsk.
Gemmeker riceveva direttamente dal comandante delle SS dell'Aia Erich Naumann le cifre complessive dei deportati che settimanalmente dovevano essere trasportate nei campi di sterminio.
Dopo aver ottenuto la cifra esatta Gemmeker riuniva i suoi collaboratori dando le istruzioni relative alla tipologia di persone che dovevano essere caricate sui treni.
Le riunioni si tenevano il martedì e, il giovedì seguente il treno veniva fatto partire con il prescritto numero di persone. Il mercoledì era di fatto il giorno dell'orrore: baracca per baracca in serata venivano chiamati in ordine alfabetico le persone destinate alla partenza verso la morte.
In generale Gemmeker faceva partire da Westerbork treni composti da una ventina di vagoni bestiame. Il caricamento dei treni veniva affidato alla polizia ebraica del campo mentre coloro che non dovevano partire venivano chiusi nelle loro baracche.
L'efficienza di Gemmeker - riconosciutagli anche da Eichmann - si basava sul cinico coinvolgimento degli stessi ebrei nel processo di deportazione e sull'attenzione continua alla rassicurazione dei deportati.
Braccio destro di Gemmeker era un altro ufficiale: l'SS Untersturmführer Hassel nativo anche lui originario di Düsseldorf.
A legare i due era anche la moglie di Hassel, Elisabeth che divenne ben presto amante di Gemmeker.