Nacque il 26 agosto 1881 a Regensburg figlio di un macchinista ferroviere, Franz, e di Maria Weinzlerl. Dopo le scuole superiori a Regensburg studiò legge a Monaco. Durante la Prima Guerra Mondiale combatté in Francia ed in Palestina ricevendo la Croce di Ferro di 1a e 2a classe.
Dopo la guerra intraprese la carriera legale e l'8 novembre 1922 venne nominato ministro della giustizia del Land di Baviera. Rimase in questa posizione sino 2 luglio 1932 quando venne nominato da Von Papen Ministro della Giustizia tedesco. Fu membro del Partito Nazionalista Tedesco e fu sempre vicino a posizioni di destra.
Favorì Hitler dopo il fallito colpo di Stato di Monaco. Il processo infatti si trasformò in una tribuna dalla quale Hitler poté propagandare ancor più efficacemente le sue idee.
Gurtner ottenne il rilascio di Hitler dal carcere di Landsberg prima della fine del periodo di detenzione e persuase le autorità bavaresi a ritirare il divieto di ricostituzione del Partito Nazionalsocialista. permettendo a Hitler di riprendere i suoi discorsi pubblici.
Dopo essere stato ministro nei governi di von Papen e von Schleicher, Gürtner venne mantenuto al suo posto anche nel governo Hitler formatosi nel 1933 e venne incaricato di coordinare la giurisprudenza del Terzo Reich. In questo Gurtner fu particolarmente capace unendo la sua indiscussa abilità alle necessità repressive del governo nazista. Legalista sino in fondo si scontrò con le idee rivoluzionarie delle SA e i loro metodi brutali ed illegali.

Protestò vivacemente contro il trattamento dei prigionieri nei campi di concentramento a Wuppertal, Bredow e Hohnstein che erano sotto la giurisdizione delle SA.
Gürtner sostenne che i metodi adottati erano del tutto estranei allo spirito tedesco. e che sembravano essere delle reminiscenze di sadismo orientale. Naturalmente la protesta cadde nel vuoto e Hitler perdonò tutte le guardie che erano state portate in giudizio per i maltrattamenti nel campo di Hohnstein.
Gürtner protestò anche contro le confessioni ottenute dalle SS grazie a pratiche di tortura. Anche questa protesta venne ignorata.
Gürtner era sinceramente scosso nel suo legalismo borghese dalle atrocità commesse e dal disprezzo nazista della legge e legalità. Invece di dimettersi dal suo incarico vi rimase illudendosi di poter evitare il peggio con la sua presenza all'interno della macchina legale tedesca.
Non solo non riuscì in questo tentativo ma fu coinvolto sino in fondo nella creazione di corti marziali incaricate di giudicare sommariamente ebrei e polacchi nei territori occupati.
Si lasciò coinvolgere nella politica antisemita avallando numerosi decreti tra i quali quello relativo al cambio di nome per gli ebrei, o meglio all'aggiunta obbligatoria del nome Israel per i maschi e Sara per le donne.
Di fatto diede copertura legale a quella che sarebbe diventata la "Soluzione Finale".
Morì il 29 gennaio 1941 a Berlino.