Nato nel 1898 fu specialista in immunologia e studioso di virus Eugen Haagen aveva studiato negli Stati Uniti grazie ad una borsa di studio della Rockfeller Foundation.
Nel 1941, dopo l'annessione dell'Alsazia Lorena a seguito della sconfitta della Francia, venne nominato professore di batteriologia ed igiene all'Università di Strasburgo il 1° ottobre 1941. Anch'egli dunque si trovava nella stessa Università nella quale operava il suo collega August Hirt. Haagen non faceva parte delle SS, i suoi canali erano perciò diversi. Haagen aveva invece un buon rapporto con il professor Gerhard Rose e da questi venne informato dei "progressi" che si compivano per testare i vaccini contro il tifo petecchiale. In questo filone di ricerca si inserì anche Haagen.

Il ragionamento era evidente: raggiungere una posizione di prestigio accademico nell'apparato universitario nazista.
Per far questo Haagen accettò di collaborare con il suo "rivale" accademico Hirt che godeva di ottimi rapporti all'interno delle SS. Il consiglio di Hirt fu di rivolgersi a Wolfram Sievers, il capo dell'Ahnenerbe. Così il 16 agosto 1943 Haagen scrisse a Sievers presentandogli le sue teorie sul tifo e richiedendogli l'invio di prigionieri sui quali proseguire le sperimentazioni. Haagen dovette attendere quattro mesi.
Il 12 dicembre 1943 arrivò a Natzweiler un trasporto di 100 zingari provenienti da Auschwitz. Di questi, all'apertura dei vagoni, ne erano ancora vivi soltanto 82. Il comandante di Natzweiler, Joseph Kramer, avvertì immediatamente Haagen che il suo "materiale" era arrivato.
Il giorno successivo Haagen si recò a Natzweiler e prese atto delle condizioni disastrose degli zingari che dovevano essere le sue cavie: alcuni avevano già contratto la tubercolosi o il tifo. Materiale inutile insomma.
Tornato a Strasburgo Haagen prese carta e penna e scrisse nuovamente a Sievers:
"Il 13 dicembre si è proceduto ad una ispezione dei prigionieri per determinare la loro attitudine per sperimentare i vaccini antitifici. Sui cento prigionieri scelti, diciotto sono morti durante il trasporto soltanto dodici sono risultati suscettibili d'essere utilizzabili a condizione d'esser rimessi in buone condizioni di salute. Per far ciò occorrerebbero dai due ai tre mesi; tutti gli altri non sono in condizione di essere utilizzati.
Gli esperimenti sono destinati a testare un nuovo vaccino; per questo motivo non possono dare risultati fruttuosi se non con soggetti alimentati normalmente e la cui forza fisica sia comparabile a quella di soldati. Le chiedo dunque di inviarmi cento prigionieri di età compresa tra i 20 e i 40 anni, in buona salute e con una costituzione fisica in grado di fornire valido materiale di comparazione"

Sievers riparò all'errore inviando i soggetti richiesti alla fine del gennaio 1944. Sin dall'inizio di febbraio Haagen incominciò il suo ciclo di esperimenti al Blocco 5 di Natzweiler.
Dopo aver inoculato il virus ad un gruppo vaccinato e ad uno non immunizzato Haagen assiste al decorso della malattia che conduce 30 prigionieri alla morte.
A maggio 1944 Haagen richiese altri 200 prigionieri in buone condizioni fisiche. Gli esperimenti di Haagen sono per certi versi "favoriti" da una terribile epidemia di tifo che scoppiò a Natzweiler nell'estate del 1944 e che ebbe 1.200 casi. L'Ufficio medico della Luftwaffe (che finanziava il lavoro di Haagen) sospettò che sotto all'epidemia ci fossero gli avventati esperimenti di Haagen. Ma non vi fu il tempo di stabilirlo, di fronte all'avanzata americana Natzweiler venne abbandonata e Haagen trasferì il suo laboratorio a Saalfed in Turingia.
Haagen venne catturato dagli americani nel novembre 1945 e trattenuto sino al 15 giugno 1946 quando, rilasciato, poté tornare a Saalfed.
Il governo sovietico gli propose di collaborare al lavoro di un nuovo istituto nato a Berlino per lo studio dei virus e dei tumori. Haagen accettò e lavorò per i russi sino al 16 novembre 1946.
Credendosi al sicuro Haagen sconfinò nella parte di Berlino controllata dagli inglesi e venne immediatamente arrestato.
Nel gennaio 1947 gli inglesi lo consegnarono ai francesi. Processato dai francesi venne condannato a morte e giustiziato nel 1948.