Viceprotettore del Reich
di Boemia e Moravia (1941)

Nel settembre 1941 Heydrich, che a Gerusalemme Adolf Eichmann descrisse come un uomo egocentrico, ambizioso, di una vitalità nervosa, e come un superiore che esigeva dai suoi sottoposti la massima ubbidienza, ricevette - come altri capi nazisti prima di lui - un ulteriore incarico nei territori occupati: gli fu conferito il titolo di viceprotettore del Reich di Boemia e Moravia, che di fatto corrispondeva a quello di protettore, dal momento che l'anziano barone Konstantin von Neurath non era più in grado di assolvere alla sua funzione. A questa nomina era legato il compito di potenziare al massimo la produttività di Boemia e Moravia, un territorio in cui c'erano industrie strategiche e una fiorente agricoltura, e di vincere, a tal fine, la resistenza della popolazione cecoslovacca.
Oltre al suo ufficio presso il RSHA, la cui sede era nel centro di Berlino, in Prinz-Albrecht-Strasse, Heydrich ebbe un secondo ufficio nel castello di Praga e si stabilì con la famiglia in un altro castello nei dintorni della città.



L'attentato e la morte (1942)

Il 27 maggio 1942 un commando di patrioti cecoslovacchi paracadutati dagli inglesi tese un agguato a Heydrich lanciando una bomba a mano nella sua auto scoperta. Morì il 4 giugno 1942, in seguito alle ferite riportate.
I funerali di Stato furono celebrati in pompa magna a Berlino, alla presenza di Hitler.
Il capo della Polizia d'ordine Kurt Daluege fu nominato suo successore a Praga, cumulando a sua volta due cariche, mentre il suo posto a Berlino andò al nazionalsocialista austriaco e generale delle SS Ernst Kaltenbrunner.
Per ordine di Himmler all'attentato fece seguito una ondata di azioni terroristiche contro la popolazione cecoslovacca, che colpirono il villaggio di Lidice presso Kladno, i cui 172 abitanti di sesso maschile furono uccisi sul luogo, mentre le 195 donne furono deportate in campi di concentramento e di sterminio. I bambini vennero affidati a famiglie tedesche per essere "germanizzati".