Soltanto nel giugno 1941 vennero formalizzate delle accuse nei suoi confrontiche di fatto facevano riferimento all'utilizzo poco ortodosso di agenti segreti e all'interesse privato nel suo lavoro.
Molto probabilmente Hoettl era entrato in conflitto se non con il potentissimo Reinhardt Heydrich, almeno con i suoi collaboratori. Quando Heydrich morì il capo del Dipartimento VI, Walther Schellenberg, dichiarò che Hoettl era persona indispensabile e le accuse vennero ritirate. Venne reintegrato nel posto che occupava a Vienna nel gennaio 1943 e ricominciò la sua attività.
Durante il 1943 venne inviato in Italia a Roma dove lavorò in contatto con l'ambasciatore tedesco presso la Città del Vaticano Weizsaecker. Riorganizzò la rete spionistica nazista in Italia e collaborò alla liberazione di Mussolini fatto arrestare da Badoglio. Collaborò nell'azione contro le autorità italiane che dopo l'8 settembre 1943 avevano firmato l'armistizio con gli Alleati.
Si adoperò per prendere contatti con la rete spionistica anglo-americana per sondare la possibilità di una pace separata in funzione antisovietica.
Nel 1944 Schellenberg lo incaricò di recarsi a Budapest e affiancare e collaborare con i servizi segreti dell'esercito ungherese. In questo ruolo divenne uno stretto collaboratore di Edmund Veesenmayer allora ambasciatore tedesco in Ungheria. Hoettl fu una pedina importante nel processo di rovesciamento dell'ammiraglio Horthy e nella sua sostituzione con Fercenc Szalasi, capo del movimento fascista delle Croci Frecciate. Hoetll rimase a Budapest sino al novembre 1944 per poi ritornare in Austria.
Occupò l'ultimo periodo della guerra cercando di rafforzare i contatti con i servizi segreti americani in vista della stipulazione di una pace separata.
L'8 maggio 1945 venne arrestato dagli Statunitensi nella cittadina di Bad Aussee dove aveva trovato rifugio. Rilasciato senza aver subito alcun processo Hoettl con la fine della guerra non terminò la sua carriera di spia.
Recentemente gli archivi della CIA (i servizi segreti statunitensi) hanno desecretato e reso pubblico il dossier che si riferisce a Hoettl. Si tratta di più di 600 pagine in base alle quali si viene a sapere che l'ex spia nazista negli anni successivi alla guerra lavorò per i servizi segreti della Jugoslavia, dell'Austria, della Romania, della Svizzera, della Francia, della Germania Occidentale, della Russia e dell'Ungheria. Sorprendentemente in alcune operazioni venne impiegato dai servizi segreti israeliani e perfino dal Vaticano.
Gli Statunitensi sapevano perfettamente che Hoettl era un nazista con responsabilità assai pesanti ma - come testimoniato dal rapporto interno del 17 aprile 1945, non rinunciarono ad usarlo cercando soltanto di non instaurare un rapporto troppo diretto con lui.
Tra l'ottobre ed il dicembre 1947 rimase in stato di arresto. Successivamente gli Statunitensi crearono una rete spionistica denominata "Montgomery" che aveva il compito di controllare i Sovietici in Ungheria. Una seconda rete venne creata nel 1948 con gli stessi scopi. Hoettl venne inserito in questi gruppi grazie alla sua conoscenza del territorio e le sue conoscenze ungheresi.
Le due reti spionistiche si rivelarono un fallimento e le notizie che procacciarono risultarono o inutili o fabbricate di sana pianta. Sia "Montgomery" che "Mount Vernon" vennero smantellate nel 1949.
Nel 1952 le autorità americane si erano convinte che le informazioni fornite da Hoettl erano totalmente inutili. I rapporti con lui vennero interrotti in quello stesso anno. Il 25 marzo 1952 Hoettl venne nuovamente arrestato. Gli Statunitensi erano convinti che fosse passato al soldo dei sovietici. L'11 aprile 1953 venne nuovamente rilasciato senza che contro di lui venisse assuntoalcun provvedimento.
Nel 1961, in connessione con il processo a Eichmann celebrato a Gerusalemme, in Ungheria una campagna di stampa denunciò il fatto che Hoettl era stato uno dei complici di Eichmann nella distruzione della comunità ebraica ungherese. Ne seguì una richiesta di estradizione rivolta al governo austriaco che rimase senza risposta.
Hoettl fu sospettato di essersi impossessato di beni provenienti dalle proprietà ebraiche sequestrate dalle SS. Un conto in Svizzera, la creazione di una casa editrice in collaborazione con la moglie ed un ex collega e un tenore di vita abbastanza alto alimentarono i sospetti.
Nonostante tutte queste vicende Hoettl non solo visse indisturbato ma poté pubblicare diversi libri di memorie e fondare addirittura una scuola della quale divenne direttore. Nel 1995 la provincia della Stiria gli conferì una medaglia d'oro per i suoi meriti educativi.
Morì a Bad Aussee il 27 luglio 1999.