Waldemar Hoven nacque a Freiburg il 10 febbraio 1903. Si laureò in medicina e visse alcuni anni negli Stati Uniti.
Entrò nelle SS nel 1934 e nel Partito Nazionalsocialista nel 1937.
Poco dopo lo scoppio della guerra entrò a far parte delle Waffen-SS. Nell'ottobre 1939 divenne assistente medico nell'ospedale del lager di Buchenwald. Rimase in questa posizione sino al settembre 1943 quando venne arrestato per ordine del Tribunale delle SS di Kassel con l'accusa di aver assassinato un ufficiale delle SS ritenuto un pericoloso testimone degli abusi amministrativi di Koch, comandante del lager di Buchenwald.
Hoven durante il suo periodo di permanenza a Buchenwald collaborò attivamente agli esperimenti condotti dal dottor Ding-Schuler sui prigionieri del campo.
In particolare fu coinvolto negli esperimenti sul tifo petecchiale e su altri tipi di vaccini. Selezionò i prigionieri che poi furono usati come cavie.

Supervisionò e lavorò alla redazione del diario degli esperimenti, alle statistiche e ai rapporti. Come vice di Ding-Schuler condusse gli esperimenti nel blocco 46 e nel blocco 50 in assenza di Ding-Schuler.
Nel periodo in cui fu attivo non meno di 100 prigionieri morirono a causa degli esperimenti.
Fu parte attiva negli esperimenti condotti sulla cancrena gassosa e operò una serie di esperimenti che consistevano nel praticare iniezioni di fenolo sempre con esiti mortali. Egli stesso nella sua deposizione ammise di aver ucciso prigionieri con iniezioni di fenolo. Si trattava secondo Hoven di prigionieri che avevano tentato di screditare i prigionieri politici tedeschi e che perciò venivano considerati "traditori" dalle SS.
A questo proposito Hoven in tribunale affermò: "C'erano molti prigionieri che erano gelosi della posizione ricoperta da alcuni prigionieri politici e tentavano di screditarli. Questi traditori venivano immediatamente uccisi. Io notificavo più tardi la loro morte per cause naturali. In alcuni casi supervisionai le uccisioni dei prigionieri disabili con una iniezione di fenolo, dietro richiesta dei prigionieri, all'interno dell'ospedale con l'assistenza di altri prigionieri. Il dottor Ding una volta disse che non seguivo la corretta procedura e praticò lui stesso tre iniezioni uccidendo tre prigionieri che morirono in pochi minuti. Il numero totale di traditori uccisi fu di circa 150. Di questi 60 vennero uccisi con iniezioni di fenolo praticate da me o sotto la mia direzione e il resto uccisi per le percosse subite dagli stessi prigionieri".
Nell'ambito del processo di eutanasia dei prigionieri (il progetto 14f13) mentalmente disabili Hoven fu particolarmente attivo a Buchenwald. Si calcola che nell'ambito di questo piano vennero uccisi 1.000 prigionieri.
Hoven venne giudicato colpevole al processo di Norimberga contro i medici nazisti e condannato a morte. La sentenza venne eseguita per impiccagione il 2 giugno 1948 nel carcere di Landsberg.