Karl Jaeger nacque a Schaffhausen in Svizzera il 20 settembre 1888. Commerciante, partecipò alla I Guerra Mondiale venendo decorato di Croce di Ferro di I Classe.
Si iscrisse al Partito Nazionalsocialista nel 1923 (tessera n. 359269) e alle SS nel 1932 (tessera n. 62823). Nel 1935 operò dapprima a Ludwigsburg, poi a Ravensburg, e a Munster. A Munster - dove fu assegnato nel 1938 - venne nominato capo del locale ufficio dei Servizi di Sicurezza (SD). Durante la guerra venne impiegato nell'Olanda occupata per un certo periodo e successivamente venne nominato comandante dell'Einsatzkommando 3, unità dell'Einsatzgruppe A.
Alla fine del 1941 e fino al settembre 1943 ricoprì l'incarico di comandante della Polizia di Sicurezza (SD) di Kovno in Lituania. Alla fine del 1943 ritornò in Germania dove capo della polizia a Reichenberg nella regione del Sudetenland.
Alla fine della guerra assunse una falsa identità e trovò occupazione come agricoltore. Venne smascherato e arrestato nel marzo 1959.
Si suicidò mentre era in attesa del processo il 22 giugno 1959. ,

Jager fu un protagonista nella distruzione delle Comunità ebraiche della Lituania.
La sua spaventosa attività è testimoniata da un rapporto sulla attività dell'Einsatzkommando 3 del 9 febbraio 1942.
Il documento, conosciuto come "Rapporto Jager", è un analitico specchietto del numero delle persone trucidate e dei luoghi di eliminazione.
In base ad esso si è stabilito che l'unità comandata da Jager uccise 136.421 ebrei, 1.064 comunisti, 653 disabili mentali, e altre 134 persone le cui "colpe" non sono meglio determinate.
La precisione macabra di Jager riporta tra le altre cose che tra le vittime ebraiche vi erano 55.556 donne e 34.464 bambini.
In un rapporto precedente del 1° dicembre 1941 Jager scriveva: "Non ci sono più ebrei in Lituania fatta eccezione per tre piccoli ghetti a Saiuliai, Kovno e Vilna".