Wilhelm Koppe nacque il 15 giugno 1896 a Hildesheim. Combatté nella Prima Guerra Mondiale e, alla fine del conflitto tornò alla sua azienda commerciale.
Si iscrisse al Partito Nazionalsocialista il 1° settembre 1930 e militò nelle SA a partire dall'anno successivo. Il 2 gennaio 1932 entrò a far parte delle SS arrivando nel 1934 al grado di Brigadeführer.
Fu membro del Parlamento dal 1933 sino alla fine della guerra.
Promosso SS-Gruppenführer operò in diversi incarichi in diversi distretti tedeschi. Dall'ottobre 1939 fu comandante supremo (HSSPF) della polizia e delle SS nel Wartheland.
In questo ruolo, e successivamente, fu pesantemente coinvolto nelle operazioni di annientamento delle Comunità ebraiche polacche. Autorizzò l'uccisione di più di 1.500 ebrei malati di mente nella Prussia orientale nel 1940 ad opera di Wilhelm Rediess chiedendo 10 marchi per ogni ebreo ucciso utilizzando un "suo" camion a gas.
Nell'inverno del 1941 fu parte attiva nella costruzione del campo di sterminio di Chelmno/Kulmhof che rimase ai suoi ordini in quanto Comandante Supremo della polizia ed SS (HSSPF) dell'area.
Sostituì Friedrich Kruger nella carica di Comandante Supremo (HSSPF) nel Governatorato Generale e, in questo ruolo, fu stretto collaboratore di Hans Frank, il Reichskommissar del Governatorato.

Dopo la guerra tornò indisturbato ai suoi affari divenendo direttore di una industria dolciaria. Venne arrestato soltanto nel 1960 e processato per gli assassinii perpetrati a Chelmno/Kulmhof.
Venne rilasciato per ragioni di salute nel 1965. Morì a Bonn il 2 luglio 1975.