Wilhelm Kube nacque nel 1887 nell'attuale Glogow (in tedesco Glogau) in Slesia.
Fu uno dei nazisti della prima ora e già nel 1928 era Gauleiter (rappresentante locale del partito) nella provincia di Osstmark e nel 1933 della provincia di Kurmark.
Dal 1924 al 1928 e ancora nel 1933 fu deputato al parlamento nazionale e in quello del Land di Prussia. Sempre nel 1933 venne nominato governatore del distretto di Brandenburgo Berlino.
A causa delle sue discussioni con i vertici del partito e dei sospetti di appropriazioni indebite venne privato di tutte le cariche.
Nel 1941 tuttavia veniva riabilitato e nominato commissario generale della Bielorussia che era parte del Commissariato del Reich Ostland. Stabilì il suo quartier generale a Minsk.
Entrò ben presto in urto con le SS e in particolare con il comandante locale Eduard Strauch nel tentativo di difendere il suo ruolo a proposito dello sterminio degli ebrei locali e provenienti dalla Germania.
Domandò più volte che venissero fermati i trasporti di ebrei diretti in Bielorussia.
In questo tentativo cercò di coinvolgere il suo amico e collega Lohse in una famosa lettera nella quale sottolineava la necessità di adottare sistemi "più umani" per l'eliminazione degli ebrei tedeschi deportati a Minsk. Il 22 settembre 1943 venne ucciso in un attentato con una bomba piazzata sotto il suo letto dalla sua governante che in realtà era una appartenente alla resistenza sovietica.