Nacque Monaco il 1° febbraio 1903. Si laureò in giurisprudenza.
Entrò tardi nel Partito Nazionalsocialista: soltanto il 1° maggio 1937 (tessera n. 5017341) e nelle SS il 20 aprile 1939 (tessera n. 322118).
Nel 1941 lo ritroviamo responsabile all'interno dell'RSHA (Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich) dell'Ufficio IV-A ("Lotta contro il nemico"). Ricoprì poi l'incarico di capo dell'SD per l'Ostland e a Berlino.
Il 5 settembre 1943 venne nominato capo dell'Einsatzgruppe A.
Dopo il 20 luglio 1944 - quando il capo della Kripo (Polizia Criminale) Arthur Nebe scomparve per il suo coinvolgimento nell'attentato a Hitler, Panzinger lo sostituì.
Dopo la guerra Panzinger venne arrestato dai Russi che lo rilasciarono soltanto nel 1955. Nel 1959 morì per un misterioso malore poco prima che la polizia tedesca lo arrestasse per processarlo.