Siegfried Seidl nacque a Tulln in Austria il 24 agosto 1911. Nel 1930 si iscrisse al Partito Nazionalsocialista e nel 1932 si arruolò nelle SS.
Dal gennaio 1940 venne impiegato nell'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich (RSHA) all'Ufficio IV-B-4 alle dipendenze di Adolf Eichmann. Qui Seidl lavorò al "problema ebraico" distinguendosi per impegno e zelo. Nel novembre 1941 venne nominato comandante del campo di concentramento di Theresienstadt dove si distinse per la sua totale assenza di umanità.
Nel luglio 1943 lasciò l'incarico a Theresienstadt e venne trasferito al campo di concentramento di Bergen Belsen.
Di qui nel 1944 passò al Sondereinsatzkommando Ungarn un gruppo di 200 uomini incaricato (sotto la supervisione di Adolf Eichmann) di implementare l'eliminazione degli ebrei ungheresi. In questo ruolo fu il responsabile della distruzione delle comunità ebraiche delle cittadine ungheresi di Eger, Marosvasarhely, Mateszalka, Nyregyahaza e Szekesfehervar.

Arrestato a Vienna dopo la fine della guerra venne condannato a morte il 14 novembre 1946. La sentenza venne eseguita il 4 febbraio 1947.