Nell'ottobre 1939 venne nominato ministro senza portafoglio nel governo tedesco e inviato in Polonia come vice del Governatore Generale Franck. Qui si impegnò per la creazione del territorio speciale di Lublino nel quale si sarebbero dovuti concentrare gli ebrei polacchi.
Il 19 maggio 1940, quattro giorni dopo la resa, Hitler lo nominò Commissario del Reich per l'Olanda. Il compito principale di Seyss-Inquart consisteva nelle idee del Führer nel favorire i buoni rapporti tra tedeschi e olandesi.
Tuttavia, a parte l'organizzazione del Partito Nazionalsocialista Olandese, Seyss–Inquart fallì la sua missione. Ciò comportò un irrigidimento della sua posizione.
Le operazioni condotte contro gli ebrei all'inizio del 1941 condussero ad una reazione dell'opinione pubblica olandese e al conseguente verificarsi di una ondata di scioperi nel Paese.
Particolarmente attivo nei piani di eliminazione degli ebrei olandesi Seyss–Inquart era al contempo assai geloso del suo potere in Olanda. Ingaggiò quindi una lotta sotterranea con Himmler per evitare le ingerenze di Eichmann nei suoi piani di spoliazione e deportazione della Comunità ebraica olandese.
Verso la fine della guerra tentò di intavolare trattative con gli Alleati per facilitare il trapasso dei poteri in Olanda.

Catturato venne processato a Norimberga ed impiccato il 16 ottobre 1946

Nacque in Austria a Stannem bei Iglau (oggi Stonarov nella Repubblica Ceca) il 22 luglio 1892 figlio di un preside di Liceo.
Nel 1910 si iscrisse alla Facoltà di Giurisprudenza a Vienna laureandosi qualche anno dopo. Allo scoppio della Prima Guerra Mondiale si arruolò nell'esercito austriaco venendo ferito in combattimento.
Attivo a Vienna nei circoli nazionalisti si avvicinò pian piano al nazismo.
Il Cancelliere austriaco Kurt von Schuschnigg lo chiamò nel 1937 come Consigliere di Stato per utilizzare i suoi buoni rapporti con la Destra estrema austriaca. Ciononostante nei circoli nazisti austriaci Seyss-Inquart non venne mai considerato "affidabile".
Godendo della simpatia di Adolf Hitler, Seyss–Inquart venne costantemente protetto e dovette a questo buon rapporto con il dittatore della Germania la sua carriera politica. Fu proprio Hitler che fece pressioni su Schuschnigg affinché Seyss–Inquart venisse nominato Ministro degli Interni (16 febbraio 1938).
Quando Hitler presentò all'Austria un ultimatum Schuschnigg si dimise e Seyss–Inquart venne nominato Cancelliere.
Il primo e unico atto di Seyss–Inquart come capo del Governo austriaco fu invitare le truppe tedesche ad invadere il Paese. Nominato Commissario per l'Ostmark (il nuovo nome dell'Austria dopo l'annessione alla Germania) venne gratificato del titolo di SS-Gruppenfuhrer da Himmler.