Nacque il 5 settembre 1912 a Regulowken in Prussia Orientale.
Fu vice di Adolf Eichmann nell'ufficio IV-B-4 dell'RSHA e incaricato per la deportazione degli ebrei dalla Slovacchia, dalla Grecia e dall'Ungheria tra il 1942 ed il 1944.

Iscrittosi al Partito Nazionalsocialista nel 1933 e alle SS nel 1934 venendo impiegato nei Servizi di Sicurezza (SD).
Nel 1940 venne inviato a Bratislava come "consulente per gli affari ebraici" del governo slovacco. Durante questo incarico venne segretamente contattato dal gruppo di resistenza ebraica "Pracovna Skupina" che riuscì a corromperlo per rallentare la deportazione degli ebrei slovacchi.
Più tardi, entrò in relazione con il rabbino Michael Dov Weissmandel. Si trattava del cosiddetto "Europa Plan" un piano per lo scambio degli ebrei con denaro.
Wisliceny accettò una somma imprecisata (parrebbe circa 40.000 dollari) soltanto per trasmettere la proposta ai suoi superiori.

Nel 1943-44 guidò il Comando Speciale per gli Affari ebraici a Salonicco, in Grecia. In questa veste fu il principale responsabile della deportazione di più di 50.000 ebrei greci.
Nel marzo 1944 raggiunse a Budapest il gruppo speciale organizzato da Eichmann per la deportazione degli ebrei ungheresi.
Anche qui entrò in contatto con le organizzazioni ebraiche che cercavano di salvare la vita degli ebrei intavolando trattative che avrebbero dovuto scambiare gli ebrei con materiali strategici (camion).

Dopo la guerra fu testimone al processo di Norimberga dopo il quale venne estradato in Cecoslovacchia.
Qui venne processato per la sua attività nel Paese. Mentre attendeva la sentenza scrisse diverse importanti testimonianze sulla "Soluzione Finale" che poi - nel 1961 - vennero usate nel processo contro Eichmann. Condannato a morte venne impiccato nel 1948.