Alla fine del 1940 i prigionieri ebrei - divenuti in breve tempo la maggioranza - furono separati dai non ebrei.
A partire dal 1942 i nazisti decisero di spostare gli ebrei nel nuovo campo di Mechelen destinato a diventare luogo di transito verso Auschwitz.
In questo modo Breendonk divenne un campo "politico" destinato soprattutto ai membri della Resistenza belga. Il campo ospitò in modo variabile dai 30 ai 600 prigionieri per volta.

Sino al settembre 1944 morirono nel campo 3.532 prigionieri dei quali circa il 7% erano ebrei. Circa 164 prigionieri vennero fucilati, 21 impiccati e 108 uccisi in altri luoghi. Altri 98 morirono per percosse, torture, fame o per annegamento.

Le condizioni di vita del campo erano tra le peggiori. La dieta dei prigionieri consisteva in due tazze di "caffË" e 125 grammi di pane alle 5.30 del mattino. Alle 15.30 veniva distribuito un litro di brodaglia e alle 18 la cena consisteva in due tazze di "caffè" e 100 grammi di pane.

Prima di essere interrogati, al loro arrivo, i prigionieri venivano isolati nella "Stube" una specie di bunker che dapprima conteneva trentuno prigionieri per volta e che, in seguito, arrivò a contenerne sino a quarantasette.
A fianco in una piccola stanza, i prigionieri venivano interrogati e torturati.
Arthur Prauss, tra tutti gli uomini delle SS che per quattro anni martoriarono i prigionieri caduti nelle mani della Gestapo, fu il più sadico.
A lui si deve l'invenzione di due metodi di esecuzione usati con frequenza a Breendonk. Il primo consisteva nell'affogare lentamente il prigioniero in uno dei fossati circostanti. Il secondo, più mostruosamente ingegnoso, prevedeva che il prigioniero venisse sepolto verticalmente lasciando scoperta soltanto la testa all'altezza del terreno. I nazisti e Prauss in particolare prendevano a calci la testa del prigioniero sino a spaccarla.

Il campo venne evacuato una prima volta dai nazisti il 6 maggio 1944 e tutti i prigionieri vennero inviati in Germania.
Venne nuovamente riutilizzato per concentrarvi cittadini belgi.
All'avvicinarsi delle truppe alleate il campo venne nuovamente evacuato il 30 agosto 1944 e i prigionieri inviati al campo olandese di Vught.
Fu occupato il 6 settembre 1944 dalle truppe angloamericane che lo trovarono vuoto. Dopo la guerra i carcerieri nazisti furono processati. I giudici sentenziarono sedici condanne a morte e quattro ergastoli.
Il comandante del campo, Phillipp Schmitt venne giustiziato il 9 agosto 1950.