In quanto campo speciale Theresienstadt era controllato in modo diretto dall'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich (RSHA) e, in particolare, dall'ufficio IV-B-4. Rahm durante il processo nel dopoguerra descrive la catena di comando responsabile di Theresienstadt in questo modo: "dal punto di vista amministrativo e tecnico ero subordinato all'Ufficio Centrale di Praga e dal punto di vista politico dall'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich a Berlino […] le questioni politiche erano sotto l'autorità dell'Hauptsturmführer [Ernst] Moes a Berlino che veniva a Theresienstadt in caso di bisogno e mi dava gli ordini e le istruzioni del caso".
Dalla testimonianza di Rahm si comprende che la catena di comando - attraverso Ernst Moes - arrivava sino ad Adolf Eichmann che in definitiva era il responsabile ultimo per tutte le decisioni "politiche" riguardanti Theresienstadt.
Ciò significa che tutti i trasporti in entrata e in uscita da Theresienstadt erano organizzati da Eichmann. Nella stessa testimonianza Rahm a questo proposito disse: "La responsabilità per la realizzazione dei trasporti era di Moes e/o di Eichmann e dell'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich a Berlino". (1) L'importanza di Ernst Moes era data dal fatto che questo ufficiale era impiegato nell'ufficio IV-B-4b nella sezione "Casi isolati". Moes era un tecnico che doveva risolvere i problemi connessi a personalità ebree o a prigionieri politicamente importanti.
I trasporti dal punto di vista tecnico e - soprattutto - le necessità del campo di Theresienstadt erano sotto la supervisione del Comando di Praga.
Al di sotto dei comandi di Praga e Berlino vi era la vera e propria organizzazione del campo che ebbe in successione tre comandanti: Siegfried Seidl, Anton Burger, Karla Rahm. I compiti di polizia politica e di controllo del campo erano affidati ad un presidio comandato da Heinrich Jäckel (2). Queste SS erano incaricate delle esecuzioni e della prigione della "Piccola fortezza".
Ai gradi più bassi si esprimeva tutta la bestialità delle SS. Tra gli aguzzini più feroci vi era Stefan Rojko che insieme a sua moglie Cecilia (anch'essa SS) compì atti di inaudita atrocità. Altrettanto noto era Alfred Neubauer che (anch'egli supportato dalla moglie) si distinse per sadismo.
Mentre Neubauer venne arrestato e impiccato nel 1948 in Cecoslovacchia, Rojko riuscì a sottrarsi alla giustizia sino al 1963. Processato a Graz ebbe come pena l'ergastolo ma già nel 1975 venne scrcerato in libertà vigilata.


  

(1) La testimonianza di Rahm venne raccolta il 25 marzo 1947 davanti al tribunale di Limeritz che lo giudicava. Venne prodotta come prova dell'accusa durante il processo contro Eichmann alla Sessione n° 45 del 18 marzo 1961 ome documento n° 1369

(2) Jäckel venne arrestato e rinchiuso in una delle celle degli ebrei della piccola fortezza. Giudicato colpevole per i suoi crimini venne impiccato nel 1946.