Le deportazioni del settembre-ottobre 1944 svuotarono il campo ma gli arrivi continuarono incredibilmente sino al 15 aprile 1945. Mentre il regime nazista crollava Eichmann continuò a deportare ebrei come se nulla fosse.
Paul Eppstein oramai sgradito al comandante Rahm venne ucciso nel settembre 1944. Al suo posto venne nominato Capo del Consiglio Ebraico il rabbino Benjamin Murmelstein.
Più il tempo passava più diveniva chiaro che la guerra era perduta. Rahm doveva a questo punto giocare la sua partita su due tavoli: da un lato cancellare le tracce delle uccisioni perpetrate e, dall'altro, barattare le vite dei superstiti in cambio dell'impunità.
Le persone morte nel campo erano state cremate, occorreva eliminarne le ceneri. Il 31 ottobre 1944 venne formato un gruppo di 400 donne - perlopiù anziane - che cominciarono a passarsi di mano in mano le scatole che contenevano i resti. Questa catena umana lavorò ininterrottamente.
Quando non fu più possibile far continuare le donne anziane il comandante decise di impiegare gli unici ancora non impiegati: gli orfani. Tutta la notte i bambini si passarono l'un l'altro le scatole sino al camion che avrebbe scaricato le ceneri nel fiume vicino. Come premio per il lavoro ai bambini venne consegnata una scatola di sardine.
Terminata questa operazione vennero riesumati i corpi dei prigionieri impiccati e i corpi bruciati.

All'inizio del febbraio 1945 Rahm mise in atto il suo piano di baratto. In realtà il piano proveniva direttamente da Himmler che sin dal gennaio aveva aperto trattative con la Croce Rossa Internazionale. Protagonista di queste trattative era il politico svizzero Jean Marie Musy. L'accordo prevedeva denaro in cambio degli ebrei.
Il 5 febbraio 1945 circa 1.200 prigionieri furono caricati su di un treno che partì giungendo in territorio svizzero l'8 febbraio 1945. L'accordo prevedeva che seguisse un secondo treno che però non partì mai.
Occorre considerare che in quegli ultimi mesi di guerra si erano formate all'interno delle alte gerarchie tedesche due fazioni. Un primo gruppo capitanato da Himmler era convinto che l'alleanza tra Angloamericani e Sovietici si sarebbe infranta e che la guerra sarebbe continuata. In quest'ottica Himmler riteneva di avere dei margini di trattativa in vista di una partecipazione alla lotta di ciò che rimaneva dell'esercito tedesco a fianco degli inglesi e degli americani. Trattare la liberazione dei prigionieri dai campi faceva parte di questa strategia di avvicinamento di Himmler.
Di parere opposto invece era il capo dell'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich Kaltenbrunner.
Le vittime di questo braccio di ferro furono gli internati nei campi.
Dopo il primo trasporto in Svizzera evidentemente riprese il sopravvento la fazione di Kaltenbrunner. Il risultato fu che in un'area sotterranea della Piccola Fortezza i nazisti cominciarono a costruire una camera a gas. Vennero utilizzati degli ingegneri ebrei prigionieri. La versione ufficiale era che si stava costruendo uno stagno per le anatre o una serra per le verdure.
Quando nel campo si seppe dei lavori scoppiò una agitazione incontenibile. Per evitare una sommossa degli ultimi disperati sopravvissuti Rahm fece sospendere i lavori anche se una partita di Zyklon B, il gas usato per le gassazioni, era già arrivato al campo (1).

Nell'aprile 1945 giunsero al campo prigionieri evacuati da Auschwitz e Ravensbruck. Altri giunsero da Sered. Le condizioni dei nuovi arrivati erano disastrose.
A causa dell'impossibilità di curare gli ammalati che erano giunti in fin di vita si diffuse nel campo ancora una volta il tifo. Nello stesso mese la Croce Rossa Danese ottenne il permesso di evacuare i connazionali che erano sopravvissuti.
La sera del 5 maggio 1945 il comandante Rahm consegnò il campo alle autorità della Croce Rossa e si allontanò dal campo. Murmelstein diede le dimissioni da capo del Consiglio Ebraico.

L'8 maggio le truppe dell'Armata Rossa arrivavano a Theresienstadt.
Durante il suo funzionamento erano giunte a Theresienstadt 140.890 persone.
Di queste 88.135 furono deportate verso i campi della morte e i ghetti dell'Est. Più di 33.000 morirono nel campo.
All'arrivo dei sovietici rimanevano a Theresienstadt poco più di 16.000 persone (2).



(1) Testimonianza di Adolf Engelstein al processo contro Eichmann del 18 maggio 1961, sessione 45.

(2) Il calcolo delle persone arrivate a Theresienstadt e di quelle fatte ripartire è stato ricavato in base ai dati del Terezin Initiative Institute elaborati dall'Institute of Theory of Information and Automation della Accademia delle Scienze Ceca. Tali dati divergono leggermente da quelli esposti da Raoul Hilberg nell'opera "La distruzione degli ebrei d'Europa" e riportati a pagina 473 dell'edizione del 1999. In particolare Hilberg indica 140.937 deportati a Theresienstadt cui si sommerebbero 247 altre persone entrate nel campo in modo non verificato o nate nel campo. Il totale risulterebbe così di 141.184 persone. Sempre secondo Hilberg i deportati totali da Theresienstadt sarebbero stati 88.202 e i deceduti nel campo 33.456.