I nazisti si trovarono così a disporre di una installazione già funzionante che usarono prontamente.
Il primo provvedimento adottato dai tedeschi fu la sostituzione del direttore del campo: il 16 luglio 1940 al posto del dottor Sysward venne posto l'ex capitano dell'esercito olandese Jacques Schol che aveva diretto un altro piccolo campo di rifugiati a Hellevoetsluis.
Seguendo gli ordini dei tedeschi Schol introdusse nuove regole a partire dal febbraio 1942. Tutti i rifugiati maschi di età superiore ai 14 anni vennero inquadrati in squadre di lavoro. Ciascuno dei gruppi di lavoro venne denominato "Dienstzweig" e alla sua testa venne scelto un rifugiato che ebbe il titolo di "Dienstleiter" e che venne incaricato di sovrintendere al lavoro della squadra.
Benché Schol ignorasse le intenzioni di sterminio dei tedeschi la sua organizzazione del campo fu decisiva per i tragici sviluppi successivi.

Nello scegliere i "Dienstleiter" Schol privilegiò i rifugiati ebrei di origine tedesca che erano presenti nel campo all'arrivo delle truppe naziste. Tra questi "capi" i principali erano Kurt Schlesinger, che venne nominato capo di tutti i gruppi di lavoro (Oberdienstleiter); il dottor Fritz Spanier capo dell'ufficio medico e Arthur Pisk capo del servizio d'ordine interno, l'Ordnungsdienst.
Questo servizio d'ordine funzionava come una vera e propria polizia del campo e svolgeva anche compiti di squadre antincendio in caso di necessità. A questo scopo gli uomini scelti per farne parte erano persone che avevano già servito in precedenza come vigili del fuoco.
L'organizzazione voluta da Schol - privilegiando gli ebrei di origine tedesca - ebbe come prima conseguenza che pochi ebrei che conoscevano sia il tedesco che l'ebraico rimasero nel campo di Westerbork quando questo venne trasformato da campo per rifugiati a "Durchgangslager" cioècampo di transito verso l'Est. Infatti i nazisti deportarono verso Auschwitz sin da principio proprio gli ebrei tedeschi presenti nel campo. Il capitano Schol rimase al comando sino ai primi giorni del gennaio 1943. Da allora divenne vicecomandante agli ordini degli ufficiali delle SS che si succedettero nell'incarico di comandante a Westerbork.
Il ridimensionamento degli incarichi di Schol non fu l'unico cambiamento.
Mentre nei primi tre anni di vita del campo le condizioni dei prigionieri si erano mantenute relativamente stabili il peggioramento fu rapido e pesante. Gli internati non furono più considerati dei rifugiati ma dei semplici prigionieri.
Dalla fine del 1941 era iniziato il processo di deportazione e sterminio della popolazione ebraica olandese.
Il campo di Westerbork - già attivo e ben organizzato - divenne il luogo nel quale concentrare gli ebrei rastrellati nel Paese. Nel 1942 il campo venne allargato con la costruzione di ventiquattro grandi baraccamenti. Westerbork divenne così un ingranaggio nella grande ruota del progetto di sterminio nazista.



In alto: il campo di Westerbork in inverno
A destra, dall'alto verso il basso: i prigionieri raccolgono di patate nei campi attorno al lager, un momento di sosta per bere un po' d'acqua, un altro gruppo di prigionieri costruisce la ferrovia che li porterà verso lo sterminio.