Il 1° luglio 1942 Westerbork divenne ufficialmente un campo di transito che nel, linguaggio della burocrazia nazista, era detto Durchgangslager. Iniziarono così le deportazioni di ebrei olandesi e tedeschi e degli zingari che abitavano nel Paese.
Il campo cadde sotto la diretta responsabilità del capo della Polizia di Sicurezza (Sipo) e dei Servizi segreti delle SS (SD) comandati da Wilhelm Harster.
Fu Harster che nominò il primo comandante del campo: l'SS-Sturmbannführer Erich Deppner. La scelta non si dimostrò felice. Deppner – di temperamento crudele e collerico – era ossessionato dall'efficienza e dalla necessità di completare sempre e comunque i trasporti arrivando al numero prescritto di prigionieri da far partire.
Fu proprio questa sua ossessione che causò una rivolta nel campo.
Deppner infatti cominciò a far caricare sul treno diretto ad Auschwitz bambini divisi dai genitori e donne che ancora erano in attesa di essere registrate nel campo. I mariti e i padri, resisi conto di quanto stava accadendo, scatenarono una vera e propria sommossa sedata a stento. Sotto il comando di Deppner si ebbe la partenza del primo treno da Westerbork diretto ad Auschwitz.
Vista la scarsa capacità mostrata da Deppner, Harster lo sollevò dal comando nominando il 1° settembre 1942 l'SS-Obersturmbannführer
Josef Hugo Dischner. Anche Dischner dette una pessima prova di se. Si trattava di un alcolizzato violento che se ne andava in giro per il campo divertendosi a frustare i prigionieri terrorizzati.
Di fronte all'arrivo di migliaia di ebrei olandesi rastrellati in Olanda anche Dischner mostrò tutti i suoi limiti.
Serviva un comandante efficiente e, soprattutto, capace di imbarcare sui treni i prigionieri senza scatenare scene di panico.

Così il 12 ottobre 1942 venne nominato nuovo comandante l'SS-Obersturmbannführer Albert Konrad Gemmeker.
Gemmeker si dimostrò all'altezza del compito affidatogli e rimase a Westerbork sino all'11 aprile 1945 un giorno prima dell'arrivo degli Alleati. Gemmeker sostituì le tecniche di terrorizzazione con una accorta strategia di deleghe. Affidò infatti la vita quotidiana del campo ai collaboratori di origine tedesca che erano stati nominati dal capitano Schol. Grazie a questa tecnica Gemmeker riuscì a eseguire in modo orribilmente efficiente il suo compito di deportazione.
L'efficienza mostrata da Gemmeker si basava essenzialmente sulla collaborazione di due internati ebrei tedeschi Schlesinger e Pinsk che si occuparono direttamente del "lavoro sporco" cioè di caricare sui treni i prigionieri destinati alla morte. Era Schlesinger che compilava le liste di coloro che dovevano partire ed era Pinsk che si occupava di sedare ogni forma di resistenza con la sua polizia interna.
A partire dal 2 febbraio 1943 ogni giovedì partiva un treno diretto verso l'Est carico di uomini, donne e bambini di ogni età.
Per mantenere viva l'illusione che la destinazione finale fosse il lavoro all'Est Gemmeker fu sempre attento a mantenere condizioni di vita tollerabili nel campo. Incoraggiò la creazione di un ospedale, sollecitava gli internati a creare spettacoli e intrattenimenti e permise che gli ebrei potessero ricevere pacchi e acquistare attraverso una moneta appositamente stampata per il campo generi di prima necessità.
La relativa abbondanza di generi alimentari, rispetto ad altri campi di transito, era dovuta principalmente al fatto che il Governo olandese si sforzò sempre di far arrivare ai prigionieri razioni di cibo sufficienti.
In questo modo Gemmeker mantenne una popolazione "permanente" nel campo che arrivò ad un massimo di 6.035 prigionieri occupati in diverse mansioni. Questa parte dei prigionieri per certi versi "rassicurava" coloro che erano destinati alla deportazione sul destino finale e sulle intenzioni naziste. Lo scopo ultimo di Gemmeker era riuscire a completare le deportazioni rapidamente e senza alcun incidente.
L'ultimo treno diretto a Bergen Belsen lasciò Westerbork il 13 settembre 1944.

Da Westerbork partirono sino alla liberazione del campo, 103 convogli così ripartiti:

Destinazione	Numero di treni partiti	Numero di deportati
Auschwitz	68	54.930
Sobibor	19	34.313
Theresienstadt	7	4.771
Bergen Belsen	9	3.762
Totali	103	97.776

Quando le truppe canadesi entrarono nel campo il 12 aprile 1945 trovarono 876 prigionieri dei quali 569 di nazionalità olandese.



Nelle foto a fianco la calma irreale sulla banchina della stazione di Westerbork.
Anche bambini e malati vengono fatti salire con tranquillità sui carri merci con l'illusione di essere portati a lavorare. Ma allo sterminio solo pochi sopravviveranno.