La città di Cracovia venne occupata dall'esercito tedesco il 6 settembre 1939. Le azioni contro la comunità ebraica furono immediate e guidate dall'Einsatzkommando 2 appartenente all'Einsatzgruppe I. Responsabile del comando era l'Obersturmbannführer Max Grossopf. Il 26 ottobre, al termine delle operazioni militari, Cracovia venne dichiarata capitale del Governatorato Generale, la nuova provincia occupata della Polonia centro-orientale. Con l'insediamento di Hans Frank come Governatore la persecuzione nei confronti degli ebrei continuò anche dopo il passaggio dei poteri dall'amministrazione militare a quella civile.
Secondo la tecnica escogitata da Heydrich già il 28 novembre i tedeschi crearono uno Judenrat al capo del quale, nell'estate del 1940 posero Artur Rosenzweig. Il 3 marzo 1941 venne creato il ghetto di Cracovia nel quartiere di Podgorze, a sud della città. Il 20 marzo l'intera area, che misurava 600 metri per 400 venne circondata da un muro dotato di filo spinato. Vi furono concentrati tutti gli ebrei della città e quelli rastrellati nei vicini villaggi.
Alla fine del 1941 nel ghetto erano rinchiuse 18.000 persone. Per sfruttare al meglio la manodopera i tedeschi istituirono delle fabbriche all'interno del ghetto e una parte degli ebrei venne anche fatta lavorare in aziende esterne.

Il 19 marzo 1942 i tedeschi iniziarono la "Intelligenz Aktion" cioè l'arresto e l'assassinio di tutte le persone considerate come punti di riferimento per la comunità. Circa cinquanta persone vennero arrestate e trasportate al campo dio concentramento di Auschwitz dove vennero uccise. Alla fine del maggio 1942 i tedeschi cominciarono a pianificare la liquidazione del ghetto e il trasporto degli ebrei nei campi di sterminio. L'azione partì il 28 maggio e si protrasse sino all'8 giugno. Alla fine circa 6.000 ebrei erano stati catturati e trasportati al campo di sterminio di Belzec. Trecento persone vennero uccise nel ghetto durante l'azione. Venne ucciso anche il presidente dello Judenrat Rosenzweig che si era rifiutato di collaborare. Lo Judenrat venne sciolto ed al suo posto vene nominato David Guter con il titolo di "commissario". Erano rimasti poco meno di 12.000 ebrei nel ghetto ed ebbero una relativa tranquillità soltanto sino al 27 ottobre 1942 giorno in cui partì la seconda Aktion. Ufficialmente l'azione venne fatta partire perché il "Commissariato" si era rifiutato di consegnare 4000 ebrei per la deportazione. L'azione fu condotta con una bestialità sanguinaria: 7.000 ebrei furono catturati e deportati a Belzec e Auschwitz e 600 vennero uccisi sul posto durante il rastrellamento. Vennero uccisi i malati dell'ospedale, gli anziani della casa di riposo e i bambini dell'orfanotrofio. Il ghetto divenuto ancora più piccolo venne diviso in due parti: l'area A e l'area B. Il 13 marzo 1943 i 2.000 abitanti dell'area A vennero trasferiti al campo di Plaszow. Il giorno dopo venne attaccata l'area B: 2300 ebrei vennero catturati e trasportati ad Auschwitz-Birkenau dove vennero gassati e 700 furono uccisi sul posto. Di quelli trasferiti a Plaszow ne sopravvissero poche centinaia. Il ghetto di Cracovia ed il campo di concentramento di Plaszow furono la cornice per la storia di Oskar Schindler - reso famoso dal film Schindler's List di Steven Spielberg - che riuscì a salvare 1.100 ebrei già condannati a morire nel campo utilizzandoli in una sua fabbrica (sostanzialmente di copertura per il salvataggio).