Dal rapporto dell'Einsatzgruppe A
del 15 ottobre 1941:

"È importante per l'avvenire documentare che la popolazione liberata ha preso misure drastiche contro il nemico, bolscevichi ed ebrei, di propria iniziativa, senza coinvolgere l'amministrazione tedesca [...] Durante i pogrom avvenuti nella notte tra il 25 ed il 26 luglio [in realtà si tratta di giugno] i partigiani lituani hanno ucciso oltre 1.500 ebrei, hanno bruciato e distrutto numerose sinagoghe e hanno ridotto in cenere il quartiere ebraico, più di sessanta edifici. Nelle notti successive sono stati eliminati oltre 2.300 ebrei"

Il comandante dell'Einsatzgruppe A Stahlecker in questo rapporto si compiace di uno degli episodi più infamanti della storia lituana. I tedeschi erano entrati in città il 24 giugno 1941. I nazionalisti lituani erano entrati in azione attaccando le retroguardie sovietiche che coprivano la ritirata. Quando le truppe tedesche entrarono in città i lituani avevano già conquistato la stazione radio e issato la bandiera lituana. Vi sono molti dubbi riguardo alla reale "spontaneità" del pogrom infatti, nello stesso rapporto con una strana contraddizione, afferma:

"Con nostra sorpresa, non è stato facile all'inizio dare vita ad un pogrom di grande entità contro gli ebrei"

In realtà a Kovno il massacro degli ebrei da parte dei nazionalisti lituani era stato pilotato dall'Einsatzgruppe di Stahlecker. Al seguito delle truppe tedesche in città il 24 giugno era entrato l'Einsatzkommando 1b che si era affrettata a prendere contatto con uno dei capi dei nazionalisti lituani Jonas Klimaitis persuadendolo a rivolgere la sua attenzione agli ebrei piuttosto che alle truppe russe in ritirata. Kimaitis fu un ottimo esecutore: dopo aver eliminato a Kovno 3.800 ebrei si diresse nelle campagne intorno alla capitale dove massacrò altri 1.200 ebrei. In seguito Stahlecker utilizzò con "profitto" i servigi di Kimaitis organizzando un secondo pogrom spontaneo a Riga con 400 ebrei trucidati. A Kovno e Riga Stahlecker fece filmare le azioni di "autopulizia" (Selbstreinigungsaktionen). I tedeschi avevano bisogno di complici. Grazie a questo sistema Stahlecker aveva anche colto l'obiettivo di non creare disturbo alle operazioni della Wehrmacht. Gli alti comandi militari non gradivano intrusioni nei combattimenti contro i sovietici, e politicamente, la crescita di un movimento nazionalista lituano che avesse l'obiettivo di rivendicare con il suo intervento meriti per una indipendenza che i tedeschi non intendevano concedere. Dopo aver lasciato che Klimaitis massacrasse gli ebrei i tedeschi sciolsero la sua unità partigiana il 28 giugno creando al suo posto una formazione organizzata che denominarono "Battaglione per la difesa del lavoro nazionale". L'Einsatzkommando 1b e poi il 3 che lo sostituì in città utilizzò il battaglione per il concentramento, la guardia e la fucilazione degli ebrei. Fu l'Einsatzkommando 3 agli ordini del comandante Karl Jäger che seppe sfruttare al meglio il Battaglione di assassini lituani. Le azioni successive che sterminarono gli ebrei di Kovno furono denominate da Jäger "Paradesschiessen" vale a dire "parate di fucilazioni". I lituani del "Battaglione" furono protagonisti di questi massacri cittadini e - oramai ben addestrati - furono lasciati operare da soli nelle loro scorribande sanguinarie contro gli ebrei.

L'azione di autopulizia testimoniata nelle fotografie collegate a questa pagina venne svolta sulla Prospettiva Vytauto. Cinquanta ebrei vennero (come si vede chiaramente dalle foto) massacrati con spranghe di ferro e badili. Ad alcuni vennero infilati dei tubi di gomma nella gola collegati con delle condutture dell'acqua.