A Salonicco Merten e Wisliceny collaborarono strettamente. Non è affatto chiara la suddivisione dei compiti tra i due uomini ma è invece evidente la loro stretta collaborazione.

Nel 1943 non appena giunto a Salonicco Wisliceny impose a 6.000 famiglie l'abbandono dei loro appartamenti.
A partire dal 15 febbraio impose uno stretto coprifuoco.
La creazione di un ghetto completò la prima fase dell'offensiva contro la Comunità ebraica.
Il 15 marzo partiva il primo convoglio con 2.600 ebrei in direzione di Auschwitz.
Da questa data in poi i treni continuarono a partire sino ad agosto.
I registri di Auschwitz sopravvissuti alla distruzione dei documenti da parte dei nazisti attestano l'arrivo di 48.974 greci. Di questi 36.386 vennero inviati alle camere a gas subito dopo il loro arrivo nel campo.
A precisare i numeri della deportazione concorrono i rapporti delle ferrovie tedesche (conservati presso la Zentralstelle der Landesjustiz Verwaltungen a Ludwigsburg serie "Verschiedens" 301 AAe I 12, pp. 260-65). Secondo questi documenti soltanto tra marzo ed aprile 1943 arrivarono ad Auschwitz venti treni provenienti dalla Grecia settentrionale e dalle zone occupate dai bulgari. A maggio-giugno vengono registrati altri tre convogli.

Nell'area occupata dai bulgari le operazioni contro gli ebrei greci scattarono la notte del 3 marzo 1943.
Tutti gli ebrei di Kavála, Dráma, Komotiní, e delle altre località della zona di occupazione bulgara vennero arrestati e concentrati in alcuni stabilimenti di un tabacchificio di Kavála. Il 7 marzo vennero trasferiti da qui a Dráma. Pochi giorni dopo un nuovo trasferimento questa volta con due convogli partiti in direzione di Lom in Bulgaria dove le vittime - circa 5.000 persone - vennero chiuse in due campi di concentramento. Il 20 marzo vennero tutti imbarcati su quattro grandi chiatte e trasferiti lungo la via fluviale verso il Danubio sino a Vienna.
Qui si perdono le loro tracce. Vi sono due ipotesi. Secondo la prima le chiatte sarebbero affondate al centro del fiume causando l'annegamento dei prigionieri. L'altra ipotesi sarebbe suffragata da alcuni documenti oggi conservati presso il Lochmei HaGetaoh Museum in Israele. Secondo alcuni testimoni gli ebrei furono caricati su vecchi barconi alcuni dei quali si rovesciarono facendo affogare parte dei prigionieri. I sopravvissuti arrivati a Vienna, vennero inviati via treno sino a Treblinka.

Nell'estate del 1943 sia l'area tedesca che quella bulgara erano state "ripulite" dagli ebrei. Rimaneva da risolvere il problema nella zona italiana.