Dopo l'8 settembre 1943 le truppe tedesche attaccarono quelle italiane. L'esercito italiano venne sopraffatto ed un numero rilevante di soldati venne passato per le armi dopo essersi arreso. Il massacro di Cefalonia della Divisione "Acqui" fu il più noto tra gli atti di infamia di cui si macchiarono non le SS ma l'esercito tedesco.

Nell'intera zona che era stata occupata dagli italiani gli ebrei greci persero qualsiasi forma di protezione. La vastità dell'area tolta agli italiani giustificò l'istituzione di un Comando Supremo per la Grecia delle SS (HPSS). L'incarico venne affidato al Brigadeführer delle SS Jürgen Stroop l'uomo che nel maggio di quello stesso anno aveva distrutto la resistenza nel Ghetto Di Varsavia radendolo al suolo.
Stroop, come primo atto al suo arrivo in Grecia, fu di comunicare al governo fantoccio di Atene che da quel momento in poi ogni questione doveva essere sottoposta alle SS. Si recò poi alla radio greca e pronunziò un discorso alla nazione greca incitandola all'odio contro gli ebrei. Infine rivendicò alle SS la competenza su tutte le operazioni antipartigiane.
Stroop non aveva compreso che in Grecia l'esercito e il Ministero degli Esteri avevano stretto un patto di ferro che marginalizzava le SS.

Il generale Löhr - nuovo governatore militare della Grecia - aveva affidato la competenza sugli affari civili al suo collaboratore Speidel. Contemporaneamente Hitler nominò "Rappresentante Speciale del Ministero degli Esteri" nella Grecia centro-meridionale Hermann Neubacher. Il generale Löhr e Neubacher erano ambedue austriaci e si intesero alla perfezione.
Neubacher divenne di fatto il responsabile politico dell'intera area.
Stroop non aveva margini di manovra, giudicato una "testa calda" dopo poco più di un mese di comando venne sostituito dal più diplomatico Walter Schimana.
Privo di ambizioni e amante delle comodità Schimana affidò al suo vice - il ben più efficente - Walter Blume il compito di ripulire la Grecia dagli ebrei e di reprimere la resistenza.

Il 3 ottobre 1943 Schimana e Blume ordinarono alle comunità ebraiche di svolgere un censimento degli ebrei greci.
Oramai tutti sapevano ciò che era accaduto a Salonicco: solo 1.200 persone su 3.500 circa ebrei residenti ad Atene si registrarono.
Speidel reagì confiscando "per punizione" tutti i beni degli ebrei ad Atene.
Il problema principale era dato dal fatto che gli ebrei greci erano sparsi un po' ovunque e le operazioni di preparazione per la grande retata impegnarono diversi mesi.
A marzo tutto era pronto e le SS decisero che l'operazione doveva investire tutta la Grecia contemporaneamente dal 23 al 25 marzo 1944.
Le retate di marzo portò alla cattura di 5.400 ebrei.

Nell'aprile 1944 l'operazione venne allargata all'Albania.
Qui la caccia all'ebreo venne affidata alla Divisione SS "Skanderberg" che arrestò altre 510 persone. Di queste 249 vennero immediatamente deportate.

Occorreva però arrestare anche gli ebrei sparsi tra le isole greche. ve ne erano a Corfù, a Zante, a Creta, a Coo e Rodi.
Qui occorreva la stretta collaborazione dell'esercito e per questo venne interessato il generale Löhr che mise a disposizioni i battelli necessari al trasporto degli ebrei dalle isole al continente.
Himmler in persona si era interessato dell'operazione, da Berlino venne inviato prima l'Obersturmführer Manowsky a Corfù e poi l'Obersturmführer Burger dal campo di concentramento di Theresienstadt.
Fu Burger che portò a compimento l'operazione a Corfù che il 17 giugno portò alla cattura di 1.795 ebrei.
A Rodi l'anima dell'operazione fu il generale dell'esercito Ulrich Kleemann. Kleemann, comandante della 999a Divisione aveva riconquistato Samo, Lero e Coo agli inglesi.
Il 13 giugno 1944 ordinò agli ebrei di raccogliersi in luoghi predeterminati a mezzogiorno del 17 giugno. In questo modo gli ebrei vennero raccolti nelle cittadine dalle quali si sarebbero potuti "evacuare" con più comodità.
Tra i soldati sorse qualche malumore per il fatto di doversi occupare del "lavoro sporco" e Kleeman dovette emanare una direttiva nella quale proibiva severamente ogni commento sulla questione.
Alla fine di luglio Rodi venne "liberata" dagli ebrei che vennero inviati ad Auschwitz a 1.600 chilometri di distanza.

Con le operazioni nelle isole terminarono le operazioni contro l'ebraismo greco.
Erano stati inviati nei campi di concentramento 62.573 ebrei. Dei quasi 80.000 ebrei greci nel 1947 ne erano rimasti poco più di 10.000.
Una delle più antiche comunità ebraiche d'Europa era stata annientata per sempre.