La collaborazione tra esercito romeno e SS dell'Einsatzgruppe D sembrava procedere speditamente.
Dietro consiglio dei nazisti i Romeni avevano iniziato ad istituire un grande ghetto a Cernauti e concentrare gli Ebrei dei villaggi vicini nella città di Tighina.
Fu a questo punto che, con una decisione totalmente inaspettata, Antonescu decise di deportare tutti gli Ebrei delle riconquistate Bucovina e Bessarabia al di là del fiume Dniester. Alla fine di luglio migliaia di Ebrei vennero costretti ad attraversare il fiume in condizioni spaventose e abbandonati sulla riva opposta.
Al di là del Dniester si estendeva l'area controllata dall'Undicesima Armata e dall'Einsatzgruppe D. I nazisti non erano stati informati e si trovarono a dover far fronte a migliaia di Ebrei spinti in avanti dai Romeni. Gli uomini dell'Einsatzkommando 10b cercarono dove poterono di opporsi a questa operazione. Ohlendorf informò Berlino di essere riuscito ad uccidere 1.265 Ebrei e di essere riuscito a far ripassare il Dniester ad altri 27.500.
Le forze dell'Einsatzgruppe D erano troppo esigue per riuscire a frenare l'ondata di profughi, si dovette chiedere aiuto alla Feldgendarmerie, la polizia militare dell'esercito tedesco.
A metà agosto grazie a questo intervento altri 20.000 Ebrei vennero respinti indietro. Ma la macchina di sterminio romeno si era messa in moto e procedeva in modo totalmente imprevisto.
I nazisti erano appena riusciti a fermare l'esodo dalla Bucovina che Antonescu ordinò che tutti gli Ebrei in età da lavoro fossero trasferiti dal centro della Romania allla Bessarabia. La ragione ufficiale era che vi avrebbero "costruito strade".
A questo punto le autorità tedesche intervennero ufficialmente. Il generale Hauffe che teneva i collegamenti con l'esercito romeno cercò un accordo.
Insieme al capo di stato maggiore dell'esercito romeno Tataranu si convenì che gli Ebrei romeni sarebbero stati concentrati in un'area compresa tra il fiume Dniester e il fiume Bug. In quest'area, chiamata Transnistria i Romeni avrebbero dovuto costruire dei campi di concentramento.
Il destino degli Ebrei si sarebbe dovuto decidere dopo la vittoria sull'Unione Sovietica che si presumeva imminente.
Si trattò di un esodo di dimensioni apocalittiche che proseguì sino alla primavera del 1942.
Gli Ebrei stimati dalle autorità in Bucovina e Bessarabia ammontavano a circa 185.000. Di questi 10.000 vennero uccisi nei pogrom, 7.000 morirono nei campi di transito per la fame, il tifo e i maltrattamenti, altri 10.000 vennero eliminati quando già erano stati trasferiti dall'altra parte del Dniester.
Al 1° settembre 1941 ne rimanevano 156.000.
Le operazioni di deportazioni concordate con i tedeschi comportarono lo spostamento forzato di 118.847 Ebrei che riuscirono ad attraversare vivi il Dniester mentre altri 17.577 morirono durante la traversata.

Secondo i calcoli delle autorità romene rimanevano in Bucovina e Bessarabia al 20 maggio 1942 19.576 Ebrei.
Antonescu aveva fretta, intravedeva la possibilità di sbarazzarsi una volta per tutte del "problema ebraico".
Il 4 ottobre 1941, in una lettera al comandante di Cernauti, il generale Calotescu, annunciò che voleva che entro dieci giorni gli Ebrei rimasti in Bucovina e Bessarabia fossero deportati in Transnistria. L'11 ottobre venne ordinato a tutti gli Ebrei della città di concentrarsi in alcune strade che divennero un vero e proprio ghetto.
L'idea del comandante Calotescu era quella di concentrare a Cernauti il maggior numero possibile di Ebrei provenienti da tutta la regione e spedirli il più velocemente possibile in Transnistria.
A metà dell'ottobre 1941 il ghetto conteneva 50.000 Ebrei in condizioni igieniche e sanitarie gravissime.
Dalla fine di ottobre le autorità romene iniziarono a trasferire con treni piombati gli Ebrei.
A Cernauti si ingaggiò una lotta per salvare il maggior numero di Ebrei. Il protagonista di questo tentativo di salvataggio fu il sindaco della città Traian Popovici che, insieme alla regina madre Elena cercò di fermare le deportazioni da Cernauti. I disperati tentativi di Popovici riuscirono a impedire - per una parte solo momentaneamente - la partenza di 20.000 persone.
Nel mezzo delle deportazioni Wilhelm Filderman, capo della Comunità ebraica romena scrisse una disperata lettera ad Antonescu per implorare la cessazione delle deportazioni. Gli giunse soltanto una lunga risposta sprezzante.