Il concentramento degli Ebrei in Transnistria fu un'opera interamente romena, i tedeschi lasciarono che a risolvere il problema ebraico fossero i diretti interessati. Si era d'altronde in una fase nella quale i campi di sterminio di massa non erano ancora operativi. In tal modo la Transnistria divenne un terribile, enorme, campo di eliminazione.
Il governo romeno stabilì un governatore della Transnistria nominando un civile, il professore Gheorghe Alexianu. Il governatore suddivise l'intera area in tredici province affidandone l'amministrazione a diversi dipartimenti (Trasporti, Agricoltura, Finanze, Industria, Educazione, Salute pubblica).
Il mantenimento dell'ordine era affidato alla gendarmeria romena il cui comandante in capo fu dapprima il colonnello Emil Brosteanu e più tardi il colonnello Mihai Iliescu.
A dispetto di questa apparente organizzazione la Transnistria fu un vero campo di massacro a cielo aperto.
Nelle intenzioni di Antonescu gli Ebrei dovevano essre distribuiti nel centinaio di villaggi a prevalente popolazione ucraina. Arrivare in questi villaggi significò per gli Ebrei compiere delle marce della morte durante le quali i più deboli, i più anziani venivano sistematicamente uccisi. Quelli che scamparono alla morte vennero suddivisi nelle città e nei villaggi. Il numero più alto era concentrato nelle cittadine di Mogilev, Bershad e Shargorod.
Secondo un editto del governatore Alexianu in ogni luogo di residenza gli Ebrei erano obbligati al lavoro coatto e dovevano nominare un capo responsabile della comunità. Sin dai primi tempi le condizioni di vita erano spaventose: fame, tifo, stenti riducevano ogni giorno il numero degli sventurati.
Le autorità romene non avevano un piano di reinsediamento e di utilizzo degli Ebrei. Il problema della loro sopravvivenza non si poneva. Più semplicemente l'obiettivo era eliminarli attraverso delle condizioni di vita impossibili.
I Romeni oltre a distribuire gli Ebrei nei villaggi e nelle città organizzarono svariati campi di concentramento. I principali erano situati a Peciora e a Vapniarca.
A Peciora i prigionieri venivano semplicemente lasciati morire di fame. I prigionieri secondo le testimonianze mangiarono dapprima l'erba, poi la corteccia degli alberi e infine i corpi dei compagni morti.
Non dissimile erano le condizioni di Vapniarca che entrò in funzione a partire dal settembre 1942. Si trattava di un campo speciale direttamente dipendente dal ministero degli Interni romeno. Per questo motivo circa il dieci per cento dei prigionieri non erano di origine ebraica ma prigionieri politici. Gli Ebrei presenti erano persone attive nel movimento sionista, socialista o comunista.
Si può dire che il metodo di uccisione per eccellenza fosse costituito dall'alimentazione. Ogni giorno veniva distribuita una sorta di minestrone a base di un pisello usato per nutrire i maiali, di orzo e di paglia. Un terzo dei prigionieri morì a causa di questa dieta che provocava paralisi muscolare e instabilità motoria. I sopravvissuti vennero uccisi dai guardiani. In tutto 2.000 persone circa trovarono la morte in questo campo.

Il 16 ottobre 1941 la Quarta Armata romena dopo feroci combattimenti costati 98.000 mila uomini tra morti e feriti entrò ad Odessa. Sin dai primi giorni dell'occupazione i militari romeni uccisero sporadicamente gli Ebrei che incontrarono accusandoli di aver sostenuto la resistenza sovietica in città.
Odessa rappresentava la più grande comunità ebraica dell'Unione Sovietica con 153.200 persone secondo il censimento del 1926. Di questi - all'entrata delle truppe romene ne ernao rimasti circa 80.000.
Non appena entrati in citta i Romeni in collaborazione con l'Einsatzgruppe D eliminarono 8.000 persone ritenute gli "intellettuali" della città e perciò potenzialmente pericolosi.
Il 22 ottobre un attentato partigiano fece saltare in aria il comando della 10a Divisione. Morirono trentasei ufficiali tra i quali il comandante della Divisione Ion Glogojanu. Alle 20.40 il generale Trestioreanu, il vicecomandante scampato all'attentato, telegrafò a Bucarest chiedendo l'autorizzazione a svolgere pubbliche impiccagioni di Ebrei e comunisti a titolo di rappresaglia.
La notte dal 22 al 23 ottobre vennero impiccate 5.000 persone, in massima parte Ebrei trascinati fuori dalle loro case.
Il mattino dopo il generale Antonescu inviò ad Odessa l'ordine di "fucilare 200 comunisti per ogni ufficiale e 100 per ogni soldato rimasto ucciso nell'attentato".
Secondo un rapporto dell'ufficio informazioni dell'ambasciata tedesca a Bucarest la mattina seguente furono fucilati altri 19.000 Ebrei in una piazza antistante il porto. Il 24 ottobre a ovest della città vennero uccisi a colpi di mitragliatrice altri 15.000 Ebrei.
Gli Ebrei sopravvissuti, poco più di 30.000, erano destinati ad essere uccisi in Transnistria.