Alla fine del 1943 la situazione militare tedesca non era più caratterizzata dalla brillante serie di vittorie che si erano succedute sino al 1942.
Riemerse così l'urgenza di risolvere il "problema ebraico" in tutta l'Europa occupata o politicamente dipendente.
Il compito di premere nuovamente sul governo slovacco venne affidato ad un altro consumato specialista del ministero degli esteri: Edmund Veesenmayer che arrivò a Bratislava annunciando che l'ordine della sua missione proveniva direttamente da Adolf Hitler. Effettivamente Veesenmayer incontrò Monsignor Tiso alcuni giorni prima del Natale 1943.
Dal colloquio emerse una decisione: entro il 1° aprile 1944 i circa 18.000 ebrei non convertiti sarebbero stati deportati. Rimanevano gli ebrei cristianizzati. Veesenmayer ebbe un secondo incontro, questa volta con il ministro Tuka con il quale si decise che circa 10.000 ebrei convertiti sarebbero stati reclusi in un campo speciale in Slovacchia.
La sorte degli ebrei scampati sembrava segnata.

Tuttavia i dirigenti slovacchi sapevano benissimo che la guerra stava volgendo al peggio per i tedeschi.
Le operazioni di deportazione procedettero con tale lentezza che, ancora nell'agosto 1944, nessun altro ebreo era partito verso i campi della morte.
Fu proprio ad agosto però che la situazione precipitò all'improvviso. Il 29 agosto l'esercito slovacco si sollevò contro i tedeschi in un tentativo di rivolta nazionale. I combattimenti ferocissimi si trascinarono sino al 30 ottobre 1944 quando la rivolta venne soffocata nel sangue.
Per reprimere la rivolta vennero utilizzate principalmente unità delle Waffen-SS, la famigerata Brigata Dirlewanger, l'Einsatzgruppe H formato appositamente per l'eliminazione degli ebrei e degli oppositori. Tutto ciò significò che a dirigere il paese e le operazioni di deportazioni vennero affidate a specialisti dello sterminio.
Gottlob Berger ebbe il comando in capo, Josef Witiska al comando dei servizi di sicurezza venne coadiuvato da uno dei migliori uomini di Eichmann: Alois Brunner che aveva diretto le deportazioni degli ebrei in Francia, a Vienna, a Salonicco.
Per gli ebrei rimasti non c'era realmente più scampo. Anche il cambiamento del comandante in capo con la partenza di Berger e l'arrivo di Hermann Höfle non mutò la situazione in meglio.
La comunità ebraica e i suoi dirigenti tentarono un'ultima disperata soluzione: denaro in cambio della vita. Si trattava di un tentativo destinato a fallire in partenza.
Gli uomini che in quel momento dirigevano le unità naziste erano dei 'professionisti del massacro' e non avevano di fronte a se nessun vincolo diplomatico che potesse fermarli.
L'Einsatzgruppe H e il suo comandante Witiska si concentrarono intorno alla zona di Neutra e - rinforzati dalle 'Guardie di Hlinka' - iniziarono il rastrellamento degli ebrei rimasti a Bratislava e nei dintorni. Si era nei primi giorni del settembre 1944.
Il 29 settembre l'operazione investì la capitale. Gli arrestati furono 12.306, di questi 7.946 furono inviati ad Auschwitz e 4.370 a Sachsenhausen e Theresienstadt. Circa 3.500 vennero uccisi sul posto.
Un timido tentativo di opporsi venne posto in essere dal governo slovacco e dalla Chiesa ma le 600 richieste inoltrate a Witiska furono tutte rifiutate: il comandante delle SS dichiarò che aveva ordine di trasportare tutti gli ebrei al campo di Sered e che avrebbe eseguito il suo compito.
L'avanzata dell'Armata Rossa verso la Slovacchia fu lentissima preferendo gli strateghi sovietici puntare il massimo dei loro sforzi verso Berlino. Il risultato fu che Bratislava venne liberata soltanto nei primi giorni dell'aprile 1945.
All'arrivo dei sovietici erano stati deportati 70.000 ebrei, di questi 65.000 non tornarono indietro.
L'ebraismo in Slovacchia era stato distrutto.