La permanenza nelle aree di ghettizzazione doveva essere la più breve possibile. Le operazioni di ghettizzazione di Budapest erano le più complicate data la vastità di una città di più di un milione di abitanti. Eichmann decise che i primi trasporti dovevano partire dall'Ungheria prima che a Budapest fosse finita la ghettizzazione. In linea di massima la prima e la seconda zona dovevano essere "ripulite” mentre nella terza si completava la concentrazione e così via in un processo a "catena di montaggio”. Per garantire che tutto funzionasse senza intoppi occorreva però essere perfettamente coordinati con il sistema ferroviario. In altri termini bisognava avere il numero sufficiente di carri bestiame sui quali far salire gli Ebrei e uno "scadenzario delle partenze” concordato con le autorità ferroviarie ungheresi, slovacche e tedesche.
Per risolvere questi problemi il 5 maggio, a Vienna, si tenne una riunione con i vertici delle ferrovie. Eichmann vi inviò due suoi uomini: Novak e il suo assistente Martin, gli ungheresi inviarono il capitano Lullay. La riunione durò due giorni e fu particolarmente "fruttuosa” perché vennero prese decisioni importanti per l'esito dell'operazione. In primo luogo si decise il percorso: per arrivare ad Auschwitz si sarebbe passati per la Slovacchia. Esperti delle ferrovie studiarono le coincidenze, tutti i treni di passaggio per l'aerea interessata, le precedenze e i tempi di percorrenza. In base a tutte queste considerazioni venne stilato un "orario”. Si passò poi alla composizione dei treni. Si decise che ogni convoglio avrebbe dovuto avere quarantacinque vagoni e che quindi andavano reperite locomotive in grado di trainare un peso del genere. Infine si stabilì la frequenza. Inizialmente gli uomini di Eichmann chiesero cinque trasporti al giorno ma la richiesta apparve irrealizzabile, Si decise che sarebbero partiti quattro treni, ossia centottanta vagoni al giorno. Ai Tedeschi venne affidato il compito di fornire il materiale rotabile (locomotive e vagoni), agli Ungheresi quello di caricare sui treni gli Ebrei.
Nel frattempo ad Auschwitz ci si preparava per 'accogliere” gli Ebrei ungheresi, Alla vigilia dell'operazione l'ex comandante Rudolf Hoess ricevette l'incarico di lasciare Berlino e assumere momentaneamente il controllo del campo in sostituzione del collega Liebenhenschel. Occorreva uno specialista della fabbrica della morte e Hoess era il migliore disponibile. Hoess arrivò l'8 maggio e cedette il comando il 29 luglio alla fine della operazione "Ungheria”.
Il primo trasporto con circa 1.800 persone partì il 28 aprile. Da quel momento le operazioni di concentramento e di deportazione vennero accelerate al massimo.