Al settembre del 1939 Heydrich ha ben presente che il concentramento degli ebrei non è la soluzione finale del problema ebraico. Essa, scrive, sarà raggiunta più avanti. Per il momento occorre liberare dagli ebrei tutti i territori ex polacchi che sono divenuti parte integrante del Reich. Gli ebrei devono essere trasferiti nella Polonia centrale nel territorio che diverrà il Governatorato Generale e che sarà posto sotto la direzione di Hans Frank. Per la prima volta Heydrich accenna alla creazione degli Judenrat, cioè i consigli ebraici. Dobbiamo porre molta attenzione a questa innovazione: essa ricalca esattamente il ruolo giocato dalle organizzazioni ebraiche in Germania e in Austria. In altri termini Heydrich ha capito l'utilità di organizzazioni ebraiche alle quali affidare una serie di compiti: il censimento degl ebrei, l'organizzazione dei ghetti, la loro amministrazione. Il piano di Heydrich è grandioso nel suo orrore: creare pochi grandi ghetti nelle città polacche, stiparvi gli ebrei e attendere i futuri sviluppi verso la "soluzione finale".
Come abbiamo detto l'esercito rifiutò di collaborare a questa operazione e anzi pretese che fosse posta in atto dopo la fine delle operazioni militari. Con il passaggio dei poteri all'amministrazione civile. I generali tedeschi non intendevano sporcarsi le mani. Il 16 ottobre 1939 il Quartier Generale tedesco comunicava "Le truppe tedesche hanno ormai terminati i loro movimenti per l'occupazione della zona di interessi in Polonia. Da ora in poi il quartier generale non farà più comunicazioni relative al fronte orientale". La guerra in Polonia era terminata. Heydrich entrava in azione. Per la verità sin dai primi giorni di ottobre le SS si erano mosse: il 4 ottobre vi fu una irruzione nella sede della comunità ebraica di Varsavia. I tedeschi arrestarono (non prima di aver rubato i fondi della Comunità) il presidente della Comunità Adam Czerniakow e lo nominarono presidente dello Judenrat di Varsavia.