Il piano di Heydrich era stato elaborato prima che queste suddivisioni regionali fossero create. Una volta poste in essere inevitabilmente nacquero dei contrasti che ebbero al centro gli ebrei. I responsabili delle amministrazioni avevano come obiettivo principale il disfarsi degli ebrei del loro territorio o, laddove gli ebrei erano destinati ad essere trasferiti, come nel Governatorato Generale, a sfruttarne la manodopera a buon mercato. Le SS e Heydrich invece vedevano il concentramento soltanto come una tappa e le questioni economiche sollevate erano per loro tutto sommato marginali. Quando Heydrich si mise in moto il primo obiettivo fu trasferire i circa 600.000 ebrei residenti nei territori incorporati alla Germania nel Governatorato Generale. L'inizio dei trasporti sarebbe dovuto cominciare il 5 novembre 1939. Ma l'operazione progettata si allargò. Non sarebbero stati spostati soltanto gli ebrei ma anche i polacchi residenti nelle province incorporate. Contemporaneamente dai Paesi Baltici e dalla Polonia occupata dai sovietici sarebbero arrivati al posto di ebrei e polacchi tedeschi "etnici", vale a dire le minoranze tedesche residenti in quei paesi. Si trattava di un trasferimento di dimensioni colossali. Vista l'aumentata complessità dell'operazione essa partì solo il 10 dicembre. A questo punto vi fu una nuova decisione: nel Governatorato Generale dovevano essere inviati anche gli Ebrei tedeschi ed austriaci e gli zingari del Reich. Queste operazioni gigantesce di trasferimento si protrassero per due anni, dall'autunno 1939 all'autunno 1941.