Quando il 20 gennaio 1942, a Wannsee Heydrich riunì i responsabili ministeriali per comunicare la decisione di sterminare gli ebrei europei, i preparativi per il genocidio erano già piuttosto avanti nel tempo.

Tra l'ottobre ed il novembre 1941 Himmler aveva incaricato il comandante della polizia di Lublino Odilo Globocnik ed il suo collaboratore Hans Höfle di redigere un piano per lo sterminio di tutti gli ebrei del Governatorato Generale. Si trattava di una operazione di proporzioni gigantesche: uccidere 2.284.000 persone.

Questa operazione venne chiamata in codice Aktion Reinhard dopo che il 27 maggio 1942 Reinhard Heydrich era stato ucciso da un commando di patrioti cecoslovacchi.
Per portare a termine la missione di morte Globocnik avrebbe dovuto, secondo le istruzioni di Himmler, stendere un piano generale, costruire e mettere in funzione i campi, coordinare i trasporti di ebrei dai cinque distretti del Governatorato, far partire lo sterminio, confiscare i beni ebraici e ridistribuirli agli enti tedeschi interessati.

Belzec, una piccola città a sudovest di Lublino venne scelta per prima per ospitare un campo di sterminio. Belzec aveva infatti tutti i requisiti richiesti: era lungo una ferrovia, si trattava di un villaggio isolato lontano da grandi centri ed occhi indiscreti. Il campo venne costruito dall'ottobre 1941 al febbraio 1942.
Il secondo campo prescelto era Sobibor nei pressi di Lublino. Qui i lavori durarono soltanto due mesi, dal marzo all'aprile 1942.
Il terzo campo della Aktion Reinhard fu situato a Treblinka a nordest di Varsavia. Nel luglio 1942 anche questo campo era operativo.

Tutti e tre i campi - se paragonati a quello di Auschwitz - erano molto piccoli: soltanto qualche centinaio di metri in larghezza e lunghezza. Erano di forma rettangolare e tutti dotati sin dall'inizio di camere a gas. L'uniformità dei campi si spiega perché Belzec, Sobibor e Treblinka furono progettati soltanto per uccidere. Non avvenivano selezioni e non era previsto alcun utilizzo degli ebrei come manodopera.
A idearli e a sovrintendere alla loro costruzione fu il capitano delle SS Richard Thomalla.

A dirigere i campi furono chiamati degli specialisti del massacro: gli uomini della Aktion T4 cioé coloro che avevano condotto l'operazione di eutanasia in Germania. Questi uomini avevano sterminato più di 70.000 tedeschi gravemente malati (compresi i bambini) dal punto di vista mentale o disabili fisici. A causa delle proteste che l'operazione aveva suscitato nell'opinione pubblica, Hitler ne ordinò la sospensione.
Gli uomini che avevano partecipato alla operazione avevano maturato una significativa esperienza nell'uso di camere a gas mascherate da docce e nell'utilizzo dei camion a gas. I metodi adottati per l'Aktion T4 furono applicati in tutti e tre i campi della Aktion Reinhard.
Questi specialisti erano 435 comandati da Christian Wirth che stabilì il quartier generale della Aktion a Lublino. Wirth non adottò l'acido cianidrico che venne usato nelle camere a gas di Auschwitz, il cosiddetto Zyklon B. Preferì utilizzare grandi motori di camion o di carro armato i cui scarichi venivano convogliati all'interno delle camere a gas.

L'organizzazione dei campi prevedeva un personale di circa 20-30 specialisti delle SS e dai 90 ai 120 uomini di guardia reclutati tra i prigionieri di guerra di origine ucraina. Questi uomini erano denominati "Trawniki" perché venivano istruiti ed addestrati in una apposita scuola che era stata creata nel villaggio di Trawniki a sudest di Lublino. Per compiere le operazioni di estrazione dei cadaveri dalle camere a gas e per seppellirli i tedeschi si servivano di un centinaio di prigionieri ebrei organizzati in un "Sonderkommando". Questi uomini venivano sterminati a loro volta dopo qualche settimana o mese di lavoro.
Alla metà del luglio 1942 Himmler visitò il quartier generale dell'Aktion Reinhard a Lublino e i campi. Dopo la visita emanò un ordine che imponeva la conclusione della Aktion entro il 31 dicembre 1942. Dovevano rimanere in vita soltanto gli ebrei utili allo sforzo bellico che sarebbero stati concentrati in campi di lavoro a Varsavia, Cracovia, Czestochowa, Radom e Lublino. L'ordine tuttavia non poté essere eseguito nei tempi voluti da Himmler per l'opposizione dei molti interessati allo sfruttamento - e quindi alla temporanea sopravvivenza - dei lavoratori ebrei.

Verso la fine del 1942, quando le deportazioni dal Governatorato Generale erano quasi terminate, si decise di ampliare gli obiettivi della Aktion Reinhard. In conseguenza di ciò i 210.000 ebrei che vivevano intorno a Bialystok vennero sterminati in parte nei tre campi, in parte ad Auschwitz. Sempre verso la fine del 1943 vennero trasportati a Sobibor ebrei provenienti dalla Slovacchia, dalla Boemia, dalla Francia, dall'Olanda, da Vilna e Minsk. A Treblinka vennero sterminati nello stesso periodo diversi trasporti provenienti dalla Grecia.
Il 15 dicembre 1943 Wirth scriveva un rapporto a Berlino riassumendo ciò che lo sterminio aveva fruttato in termini economici ai tedeschi.
In totale erano stati sequestrati 178 milioni di Reichsmarks (tra valuta, oro, gioielli) che al cambio attuale rappresentano più di 200 milioni di dollari americani.

I tre campi vennero chiusi nell'ottobre 1943. Stabilire quante persone vennero assassinate è assai arduo ma, secondo le stime degli storici a Treblinka morirono tra le 750.000 e le 975.000 persone; a Sobibor circa 200.000 e a Belzec 550.000.
Wirth e la maggior parte degli uomini che avevano partecipato all'Aktion furono, per ragioni ignote, trasferiti a Trieste nel 1944.