Nella Germania nazista la Reichsbahn (Ferrovie dello Stato) facevano parte del Ministero dei Trasporti diretto dal ministro Dorpmüller che rimase ininterrottamente in carica dal 1937 al 1945. A partire dal 1942 il sottosegretario responsabile per le ferrovie fu un nazista convinto ed efficiente: Ganzenmüller. Il meccanismo della deportazione visto dalla parte delle ferrovie tedesche era piuttosto semplice: dall'ufficio di Eichmann giungeva una richiesta che veniva inoltrata alla Divisione Traffico e Tariffe (coordinata da un certo Schelp). Questa Divisione fissava la priorità del trasporto verso i campi di sterminio, calcolava il costo e passava la pratica alla Divisione Operativa che si occupava della formazione del treno e della fissazione degli orari. In altri termini Eichmann chiedeva - ad esempio - un treno in partenza da Parigi in grado di trasportare 2.000 prigionieri e le ferrovie tedesche organizzavano il trasporto fissando gli orari, trovando i carri bestiame necessari e calcolando i costi.

Le ferrovie infatti chiedevano che tutti i prigionieri pagassero il costo del loro trasporto verso la morte. Benché le vittime venissero trasportate su carri bestiame le ferrovie tedesche calcolavano il prezzo dei biglietti in base alla tariffa passeggeri di terza classe.
In termini pratici tutti gli ebrei trasportati nei campi vennero registrati per ragioni contabili come passeggeri di terza classe paganti un biglietto di sola andata. La tariffa era di 4 pfenning per chilometro percorso. I bambini al di sotto dei 10 anni pagavano 2 pfenning, quelli al di sotto dei 4 anni viaggiavano gratis. Quando il trasporto superva le 400 persone scattava la tariffa di gruppo di 2 pfenning a chilometro per tutti indipendentemente dall'età. Considerato che i trasporti di ebrei erano sempre superiori alle 400 persone le Ferrovie e l'RSHA raggiunsero un accordo per applicare la tariffa di gruppo anche a trasporti numericamente inferiori. In caso di danneggiamento o insudiciamento dei vagoni (e considerando che tra il 5 ed il 10% dei prigionieri moriva lungo il viaggio la cosa accadeva spesso) l'RSHA pagava un supplemento per i danni.
Le ferrovie tedesche non fatturavano direttamente perché tutti i trasporti verso i campi di sterminio erano organizzati da una agenzia denominata "Agenzia di Viaggi dell'Europa Centrale" che emetteva i biglietti e si occupava della fatturazione.
Gli ebrei dunque pagarono sempre per il loro viaggio verso la morte con una sola eccezione: i 46.000 ebrei di Salonicco. In questo caso si verificò un problema burocratico: la Reichsbahn voleva essere pagata in marchi ma le SS di Salonicco avevano solo dracme e in tutta la Grecia non si trovarono i due milioni di marchi necessari. Così solo gli ebrei greci di Salonicco viaggiarono gratis verso le camere a gas.
Una volta arrivato a destinazione il trasporto, le ferrovie emettevano una fattura all'RSHA a Berlino che pagava il biglietto di sola andata per i prigionieri e di andata e ritorno per le SS che avevano scortato il treno. Il denaro per effettuare il pagamento veniva ricavato dal sequestro dei beni degli ebrei stessi. Dal punto di vista operativo tutto si svolgeva in questo modo: dall'RSHA Novak scriveva la sua richiesta in duplice copia a due iffici speciali della Reichsbahn: l'Ufficio 21 e l'Ufficio 211. L'Ufficio 21 si occupava del traffico passeggeri mentre l'Ufficio 211 si occupava dei treni speciali, i Sonderzüge. I treni che viaggiavano verso i campi di sterminio infatti non rientravano nell'orario ufficiale delle ferrovie e dovevano essere trattati dal punto di vista della burocrazia tedesca alla stessa stregua di treni speciali non periodici. Una volta ottenuto parere favorevole la richiesta di Novak veniva affidato ad un Sonderzuggruppe incaricato del coordinamento orario e del reperimento dei vagoni. Alla fine di questo processo interno i burocrati delle ferrovie rispondevano a Novak indicandogli gli orari di partenza, il luogo di partenza, l'orario di arrivo e le tariffe applicate. Novak a questo punto inviava al comando locale dell'RSHA l'ordine di arrestare un numero di ebrei sufficiente a riempire il treno. Il compito delle ferrovie terminava sulle banchine di Auschwitz e degli altri campi di sterminio quando i "passeggeri" venivano fatti scendere ed avviati alle camere a gas.