Nel diario di guerra del Comando dello Stato Maggiore delle forze armate, il 3 marzo 1941 si dice che Hitler aveva incaricato Himmler di una Sonderauftrag, una missione speciale i cui dettagli sarebbero stati definiti direttamente tra Himmler e il Comando dell'Esercito.
Il Capo di Stato Maggiore Halder era stato informato di questa missione speciale. Eduard Wagner capo del quartier generale dell'Esercito avrebbe garantito appoggio logistico ed approvvigionamenti per il buon esito della missione.
Dal diario in data 26 marzo sappiamo che la discussione portò ad un accordo sulle modalità operative di truppe speciali. Nel diario si dice: "I Sonderkommandos sono autorizzati nel quadro della loro missione e sotto la loro personale responsabilità, a intraprendere misure esecutive contro la popolazione civile".
Pur sottomesse alle autorità militari queste truppe sarebbero state sotto il controllo operativo dell'RSHA, cioé di Heydrich e Himmler.
La loro area operativa di queste truppe si concentrava dietro alle linee, nelle retrovie. Nel maggio 1941 in ulteriori colloqui tra Wagner e il capo della Sezione IV E della Gestapo Schellenberg venne steso un protocollo d'intesa con l'Esercito. Schellenberg redasse il protocollo dal quale emerge che le truppe speciali erano autorizzate ad agire anche sulla linea del fronte. A fine maggio Heydrich e Wagner firmarono il protocollo.

Cosa stava accadendo? Di fatto, in previsione dell'attacco all'Unione Sovietica Heydrich si stava preparando all'utilizzo di truppe speciali destinate alla eliminazione degli ebrei.
Queste truppe erano i cosiddetti Einsatzgruppen truppe speciali alle dirette dipendenze dell'Ufficio Centrale per la Sicurezza del Reich (RSHA).
Gli Einsatzgruppen erano già stati utilizzati in Polonia dove avevano collaborato all'elimnazione fisica delle personalità di spicco polacche e - soprattutto - avevano condotto esecuzioni sommarie di ebrei, aiutato a concentrarli nei ghetti e collaborato alla eliminazione dei piccoli villaggi (shetl) delle campagne abitati da consistenti maggioranze di cittadini di fede israelita.
La prova del fuoco degli Einsatzgruppen in Polonia era stata così soddisfacente che Himmler ed Heydrich decisero di ripetere l'esperienza nei territori che l'esercito tedesco stava conquistando.
L'organizzazione, gli uomini, le terribili modalità operative degli Einsatzgruppen vanno approfondite per capire come fu possibile l'eliminazione fisica di centinaia di migliaia di ebrei in tutta l'Unione sovietica occupata.