Gli Einsatzgruppen massacravano gli ebrei attraverso fucilazioni di massa.
La tecnica consisteva nel circondare l'area interessata all'operazione, arrestare gli ebrei e trasportarli nella più vicina località adatta allo scavo delle fosse comuni. Qui si procedeva al massacro e alla "sepoltura". Gli ebrei venivano denudati in modo da poter recuperare gli abiti e gli oggetti personali di qualche valore.
Al processo di Norimberga e al suo Ohlendorf testimoniò sul sistema adottato:

"Dopo la registrazione degli ebrei questi venivano radunati in un unico luogo e di qui trasportati o fatti marciare sino al luogo dell'esecuzione. Il luogo veniva scelto possibilmente laddove vi era un fossato anticarro o una depressione naturale. L'esecuzione veniva condotta all'uso militare con plotoni di esecuzione al comando di ufficiali"

Ohlendorf tuttavia era un ufficiale "preciso", gli altri suoi colleghi usarono sistemi più sbrigativi uccidendo con un colpo alla nuca o mitragliando le vittime che erano state costrette a sdraiarsi nella fossa sopra i cadaveri delle vittime precedenti.


Le fucilazioni, pur nella loro efficenza, presentavano numerosi problemi per i tedeschi.
Queste difficoltà emersero quando Himmler si recò a Minsk il 15 agosto 1941 per assistere ad uno di questi massacri.
Secondo il racconto di Bach-Zalewski, Himmler ordinò a Arthur Nebe, allora comandante dell'Einsatzgruppe B, di procedere ad una esecuzione in sua presenza.
Nebe radunò circa cento persone tra ebrei e sospettati di essere partigiani, tra queste due donne. Le vittime vennero fatte scendere in una fossa e il plotone si schierò sull'orlo sparando dall'alto in basso. A comandare i plotoni era il comandante dell'Einsatzkommando 8, Otto Bradfisch, che diede incarico a Paul Dinter di sparare il colpo di grazia ai feriti.
Bach-Zalewski racconta dio aver fatto notare a Himmler i problemi che questa procedura comportava per le SS sotto il piano psicologico. Himmler parlò agli uomini assumendosi la responsabilità piena per queste azioni.
Lo stesso giorno Himmler si recò all'ospedale psichiatrico di Minsk. Qui Himmler ordinò a Nebe di "spremersi il cervello" per trovare un metodo alternativo alle fucilazioni perché si era convinto che le fucilazioni non erano "il metodo più umano".
Così Nebe decise di usare la dinamite per uccidere i malati del manicomio. I risultati furono "deplorevoli" secondo Nebe e il sistema non venne adottato oltre.
Da questa "esperienza" nacque l'idea di utilizzare i camion a gas che erano già stati usati per il Progetto Eutanasia.
Dopo il dicembre 1941 ogni Einsatzgruppe ricevete tre di questi mezzi. Si trattava di un sistema abbastanza semplice: i gas di scarico venivano convogliati all'interno del mezzo. Il monossido di carbonio avvelenava le vittime uccidendole.
Sui camion da 2,5 tonnellate e da 3 (fabbricati dalla Opel) venivano stipate 30 e 50 persone, su quelli della Saurer di 5 tonnellate sino a 70.
Tuttavia questo sistema non fu utilizzato su larga scala. In primo luogo si manifestarono problemi "tecnici", i camion perdevano facilmente la loro tenuta stagna, le vittime non morivano abbastanza velocemente e ciò consentiva loro di battere sulle pareti furiosamente rischiando di rovesciare il mezzo. In più - secondo Ohlendorf - la necessità di scaricare i mezzi dai cadaveri risultava "psicologicamente dannosa" per i suoi uomini, il monossido di carbonio provocava forti mal di testa alle SS e - se l'addetto al camion aveva premuto troppo l'acceleratore - i volti erano terribilmente sfigurati e i corpi sporchi di feci. Scaricare i cadaveri risultava così insopportabile per gli uomini della razza superiore.
Le fucilazioni rimasero il metodo principale ma l'esperienza convinse Himmler ed Heydrich che l'eliminazione degli ebrei europei non poteva essere portata a termine con questi sistemi. Per il momento Himmler, secondo quanto riporta Ohlendorf, ordinò che gli uomini coniugati degli Einsatzgruppen fossero esentati, su loro richiesta, dalla fucilazione di donne e bambini.