Nato nella cittadina galiziana di Gorodenka nel 1903 si trasferì con la famiglia durante la Prima Guerra Mondiale a Brno in Moravia. Aderente al movimento sionista operò nelle organizzazioni giovaniili e - successivamente - divenne capo dell'Ufficio per la Palestina a Praga.
Nell'estate del 1937 emigrò in Palestina rimanendo però deluso dalle condizioni in cui si trovava il Paese. Dopo tre mesi fece ritorno a Praga dove riprese il suo lavoro all'Ufficio per la Palestina.
Quando nel marzo 1939 le trupope tedesche invasero la Cecoslovacchia Edelstein decise di non fuggire. Ritenne suo dovere aiutare la Comunità Ebraica ceca in tempi di persecuzione. Ben presto divenne il punto di riferimento politico ed organizzativo per gli ebrei cechi.
Edelstein cercò in ogni modo di accelerare l'emigrazione degli ebrei verso la Palestina. Con il consenso dei nazisti nel 1939 ritornò in Palestina, nel 1940 si recò a Ginevra e a Berlino, nel 1941 ad Amsterdam.
Edelstein in questi viaggi prendeva contatto con le Comunità ebraiche locali cercando di avvisarle di ciò che si stava preparando e convincerle ad emigrare.
Nonostante l'opportunità di fuggire ritornò sempre a Praga convinto di dover assolvere al compito di proteggere la sua gente.

Il 18 ottobre 1939 insieme ad un centinaio di uomini si recò a Nisko, un villaggio a sud di Lublino. Qui era stata progettata la creazione di una "area di insediamento" ebraico. Edelstein aveva creduto in questa possibilità ma si rese presto conto che si trattava dell'ennesima menzogna nazista. A Nisko Edelstein capì quali erano le terribili condizioni della Polonia e si batté affinché gli ebrei cechi non venissero trasferiti all'Est.
Si adoperò per convincere i nazisti di non trasferire gli ebrei cechi ma di concentrarli all'interno del Paese. In cambio Edelstein promise ai nazisti la collaborazione degli ebrei come forza lavoro. Nell'ottobre 1941 i tedeschi accettarono di concentrare gli ebrei cechi a Theresienstadt come prima tappa per il trasferimento a Est.
Edelstein - deportato anch'egli a Theresienstadt come capo dello Judenrat - credette di aver colto un successo importante: ignorava che Theresienstadt era solo una tappa verso l'annientamento.
A partire dal 9 dicembre 1941 Edelstein resse il Consiglio Ebraico di Theresienstadt puntando sulla creazione di un luogo di lavoro indispensabile per i tedeschi.
Nel gennaio 1943 i nazisto lo costrinsero alle dimissioni non ritenendolo più affidabile. Il 18 dicembre 1943 venne trasferito ad Auschwitz dove il 20 giugno 1944 venne ucciso insieme a tutta la sua famiglia.

Fonti: Bondy, R. Elder of the Jews: Jakob Edelstein of Theresienstadt, Grove Press, 1989.