Come ovunque nell'Europa tra le due guerre, anche in Lituania e a Vilna esistevano movimenti ebraici di diverso orientamento politico. Quando, a seguito dell'accordo Ribbentrop-Molotov che assegnava i Paesi Baltici, all'area di influenza sovietica, le truppe russe occuparono la Lituania e Vilna nel luglio 1940, le organizzazioni ebraiche vennero vietate e proseguirono la loro attività in clandestinità.
Quando Vilna venne occupata dai tedeschi il 24 giugno del 1941 le organizzazioni sioniste furono impegnate a salvare i propri aderenti dalle Aktionen di sterminio. Già durante i massacri le diverse organizzazioni dibatterono sull'opportunità di allontanarsi da Vilna e rifugiarsi in luoghi più sicuri della Bielorussia o rimanere in città.
L'unico movimento che decise di lasciare Vilna fu l'He-Haluts ha-Tsa'ir guidato da Mordechai Tenenbaum.
Il 21 gennaio 1942 i capi dei diversi movimenti si riunirono per creare un'unica organizzazione unitaria di resistenza. Abba Kovner in rappresentanza del Ha-Shomer ha-T'sair; Nissan Reznik dell'Ha-Noa'ar ha -Tsiyyoni; Josef Glazman del Betar; Yitzhak Wittenberg per i Comunisti concordarono la nascita dell'FPO (Fareynegte Partizaner Organizatsye = Organizzazione Unitaria Partigiana). Unici a non aderire furono i membri del He-Haluts ha-Tsa'ir che non si erano allontanati dalla città e che costituirono una propria organizzazione di difesa. Nella primavera del 1942 aderiva all'FPO anche l'organizzazione ebraica Bund.
Lo scopo dell'FPO era di preparare la resistenza in caso di liquidazione del ghetto e di diffondere l'idea di resistenza all'esterno e negli altri ghetti.

La resistenza nelle foreste

Il 24 luglio 1943 un primo gruppo di militanti dell'FPO guidato da Josef Glazman si rifugiò nella foresta di Naroch.
Il 1° settembre i tedeschi lanciarono una Aktion per deportare in Estonia parte degli abitanti del ghetto. Il Ghetto venne chiuso e il comandante della Gestapo Rolf Neugebauer chiese la consegna di 6.000 ebrei per i campo di lavoro di Vaivara in Estonia.
L'FPO prese posizione in un'area del ghetto e invitò la comunità alla ribellione. Ma la maggior parte degli ebrei era convinta che sarebbero stati inviati effettivamente nei campi di lavoro estoni e non in un campo di sterminio.
Il gruppo indipendente del He-Haluts ha-Tsa'ir nel pomeriggio ebbe uno scontro a fuoco con i tedeschi e il comandante Yechiel Scheinbaum perse la vita.
I tedeschi si ritirarono ordinando a Gens di raccogliere la quota indicata per la deportazione in Estonia entro il 4 settembre. L'FPO incitò alla rivolta ancora una volta gli ebrei, ma inutilmente.
Preso atto dell'impossibilità di una rivolta l'FPO cominciò a muovere i suoi uomini verso la foresta di Naroch e di Rudninkai.
Circa 600 resistenti raggiunsero i gruppi partigiani sovietici.
Si formarono diverse unità ebraiche di resistenza che combatterono contro i tedeschi sino alla liberazione di Vilna l'11 luglio 1944.

L'azione dell'FPO

L'FPO aveva bisogno di contatti con l'esterno e di armi. Il primo problema fu parzialmente risolto mantenendo un contatto diretto con la cellula comunista attiva a Vilna. Il secondo problema attraverso furti ripetuti nel vicino deposito di armi di Borbiszki. L'azione ebbe un ottimo successo e la quasi totalità dei membri dell'FPO disponeva almeno di un'arma leggera.
Per attestarsi come organizzazione clandestina realmente attiva anche al di fuori del ghetto, l'FPO iniziò a compiere azioni di sabotaggio ripetute contro le linee ferroviarie, i depositi, le fabbriche, gli impianti elettrici. L'FPO strinse rapporti molto forti con le organizzazioni sovietiche di resistenza e godette della collaborazione al di fuori del ghetto di numerosi lituani.
L'appoggio più insperato all'FPO venne da un sergente dell'esercito tedesco, Anton Schmid che pagò con la vita l'aiuto dato alla resistenza ebraica.



I centrasti con lo Judenrat
di Jacob Gens

Nella primavera del 1942 il ghetto numero 1 che ospitava gli ebrei non impiegati nel lavoro venne liquidato. Successivamente vennero eliminati anche i piccoli campi di lavoro satellite intorno alla città.
L'FPO lesse questi avvenimenti come l'anticipazione della eliminazione del ghetto e intensificarono il furto di armi. Si avviarono contatti con i partigiani sovietici che operavano nelle foreste intorno a Vilna.
I contatti con i resistenti comunisti di Vilna divennero più intensi.
Jacob Gens capo dello Judenrat vide questa attività come un pericolo per le possibili reazioni tedesche. Agli inizi del luglio 1943 i tedeschi arrestarono Vitas e Kaslauskas membri della cellula comunista di Vilna, sotto tortura rivelarono che della loro organizzazione faceva parte anche Yitzhak Wittenberg.
In seguito a quest'informazione il responsabile della Gestapo Bruno Kittel ordinò a Gens di consegnare Wittenberg. Gens attirò Wittenberg in casa sua e lo arrestò, era il 15 luglio 1943. Quando i tedeschi arrivarono alle porte del ghetto, i membri dell'FPO che si erano appostati nelle case vicine aprirono il fuoco e liberarono Wittenberg.
All'alba del 16 luglio i tedeschi posero un ultimatum: o la consegna di Wittenberg o il bombardamento aereo del ghetto. Il giorno seguente si svolse un confronto tra FPO e la polizia ebraica del Ghetto.
La maggior parte della popolazione chiese che Wittenberg si consegnasse ai tedeschi per salvare il ghetto dalla rappresaglia tedesca. Wittenberg decise di consegnarsi per evitare uno scontro interno. Una volta arrestato riuscì a suicidarsi.
Abba Kovner venne eletto nuovo comandante dell'FPO. L'episodio convinse l'FPO dell'impossibilità di resistere nel Ghetto e dell'opportunità di continuare la lotta armata nelle foreste.