Il primo processo ai membri della Rosa Bianca si tenne lunedì  22 febbraio 1943 alle ore 10 nell’aula 216 della “Corte del Popolo” di Monaco. Presiedeva la corte Roland Freisler, il “giudice macellaio” che condurrà il processo contro gli attentatori di Hitler del luglio 1944. Quest’uomo - nazista sino in fondo all’anima - non conduceva in realtà un processo ma un “rito” di pubblica umiliazione e distruzione morale degli imputati.
Dinanzi a lui comparvero Hans e Sophie Scholl e Christoph Probst. Riguardo alle accuse mossegli Sophie dichiarò: “ciò che abbiamo scritto e detto noi lo pensiamo profondamente”.
Dopo solo tre ore e mezza di processo, alle 13.30, Freisler pronunziò la condanna a morte per tutti e tre gli imputati. Alle 17.00 i tre amici vennero ghigliottinati.
Coloro che assistettero alla esecuzione ricordarono la calma e la serenità di Sophie Scholl.

Anche il secondo processo si tenne a Monaco di Baviera sotto la presidenza di Roland Freisler.
Come il primo anche questo fu un processo brevissimo: dalle ore 9.00 alle 13.00. Gli imputati erano quattordici. Tra di essi il professor Kurt Huber, Alexander Schmorell e Willi Graf l’ accusa contro di loro - oltre alla distribuzione, accusa comune a tutti gli imputati - era la creazione dei volantini.
Nelle primissime ore del pomeriggio Roland Freisler pronunziò la condanna a morte per Huber, Schmorell e Graf.
Altri dieci imputati vennero condannati a pene detentive ed uno assolto.
Pochi giorni dopo il primo processo il ministro della propaganda Goebbels aveva scritto a Freisler: “Signor Giudice mi è stato riferito che la popolazione di Monaco ha accettato con qualche difficoltà la sentenza pronunziata“. Freisler, nel secondo processo, capì l’ordine e si limitò a “solo” tre condanne a morte.

Il terzo processo si tenne a Monaco di Baviera il 13 luglio 1943. Davanti alla corte comparvero il libraio Josef Soehngen accusato di aver messo a disposizione il retrobottega del suo esercizio per la compilazione e duplicazione dei volantini.
Insieme con lui venne giudicato l’architetto Manfred Eickemeyer accusato di aver ospitato in casa sua le riunioni del gruppo.
Sedevano sul banco degli imputati anche Harald Dohrn - cognato di Christoph Probst -  e il pittore William Geyer.
Soehngen venne condannato a sei mesi mentre gli altri imputati vennero assolti.

Il quarto processo si tenne a Donauworth il 13 ottobre 1944 contro Hans Leipelt, la sua amica Marie-Luise Jahn e altri cinque imputati. Leipelt e Jahn non avevano mai avuto contatti diretti con il gruppo della "Rosa Bianca" ma erano entrati in possesso del sesto volantino, l’avevano copiato e distribuito.
Oltre a ciò avevano cercato di raccogliere denaro in favore della vedova del  professor Huber che, dopo l’esecuzione del marito, era ridotta in miseria.
Gli accusati comparivano dinanzi al tribunale grazie ad una indagine condotta dalla Gestapo di Amburgo. Gli investigatori nazisti avevano scoperto alcuni gruppi clandestini di oppositori per la maggior parte composti da studenti e operativi intorno all’Università della città. All’interno di questi gruppi circolavano anche manifestini della "Rosa Bianca".
Hans Leipelt venne condannato a morte e ghigliottinato, Marie-Luise Jahn venne condannata a dodici anni di prigione. Altri tre accusati vennero condannati a pene detentive e due assolti.

Tuttavia indirettamente molte altre persone morirono in connessione con questo processo. Alcune persone arrestate dalla Gestapo non vennero mai giudicate ma spinte al suicidio, altre morirono per le torture subite o uccise verso la fine della guerra.
Tra queste vittime vi erano altri studenti: Frederick Geussebhainer, Kurt Ledien, Kaethe Leipelt, Reinhold Mayer, Margarethe Mrosek e Greta Rothe.

Altri processi si tennero il 17, 19 e 20 aprile 1945 terminando con diverse condanne a pene detentive e alla condanna a morte di Heinz Kucharski che, tuttavia, riuscì a fuggire dalla propria cella durante un bombardamento aereo.